Η «βασιλική και πατριαρχική μονή του Κυρίου και Θεού και Σωτήρος ημών Ιησού Χριστού του Παντοκράτορος» είναι χτισμένη επάνω σε βραχώδη εδαφική προεξοχή (έξαρμα), στην απόληξη δασωμένης πλαγιάς και σε ύψος 30 περίπου μέτρων από τη θάλασσα, στη βορειοανατολική πλευρά της χερσονήσου του Αγίου Όρους. Η θέση αυτή της παρέχει το προνόμιο μιας εξαιρετικής θέας τόσο προς το βόρειο Αιγαίο, με άμεσα ορατή τη Θάσο, αλλά και τη Λήμνο, τη Σαμοθράκη και, σπανιότερα, την Ίμβρο (όταν ο καιρός είναι καθαρός), όσο και προς τις νοτιοανατολικές ακτές του Αγίου Όρους και τον επιβλητικό Άθωνα, με την απότομη κορυφή του. Η θέση της Μονής εξαίρεται από Έλληνες και ξένους συγγραφείς και περιηγητές. Ο Ιωάννης Κομνηνός (λόγιος και Επίσκοπος που έζησε τον 17ο αιώνα) σημειώνει στο «Προσκυνητάριόν» του το 1701 ότι «το ιερόν και σεβάσμιον μοναστήριον του Παντοκράτορος είναι πολλά εύμορφον, διότι ευρίσκεται εις τοποθεσίαν καλήν σιμά εις την θάλασσαν, περιτριγυρισμένον με κάστρον στερεόν», ενώ ο Κοσμάς Βλάχος (αγιορείτης διάκονος που έζησε τον 18ο αιώνα) σημειώνει με γλαφυρό ύφος ότι η Μονή «κείται επί της ανατολικής παραλίας του Όρους στηρίζουσα την βορειοανατολικήν αυτής πλευράν επί κυματοπλήγος βράχου· ο ορίζων αυτής είναι ευρύτατος και η θραυομένη προ των βάσεων αυτής τρικυμιώσα θάλασσα παρέχει άγριον και απολαυστικόν θέαμα». Στη νότια πλευρά της βραχώδους προεξοχής επί της οποίας δεσπόζει η Μονή, κατασκευάστηκε μικρό λιμάνι, το ένα από τα δύο «μανδράκια» του Αγίου Όρους, που ασφάλιζε κατά το παρελθόν τα μικρά πλοιάρια σε περιπτώσεις τρικυμιών. Εκτός της θαλάσσιας πρόσβασης, στη Μονή οδηγεί σήμερα δασικός δρόμος που διανοίχθηκε από τις Καρυές, διακλαδιζόμενος από τον δρόμο που κατευθύνεται προς την Ιερά Μονή Ιβήρων. Συνδέεται επίσης με μονοπάτια, τόσο με την Ιερά Μονή Βατοπαιδίου προς τα βορειοανατολικά, όσο και με τις Ιερές Μονές Σταυρονικήτα και Ιβήρων, ενώ σε καλή κατάσταση διατηρείται το λιθόστρωτο που συνδέει, μέσα από μια εντυπωσιακή διαδρομή, τη Μονή με την υποκείμενη σ᾿ αυτήν Σκήτη του Προφήτου Ηλιού. Η Μονή ονομάζεται στα αρχαιότερα βυζαντινά έγγραφα «θείον φροντιστήριον του παντοκράτορος σωτήρος Χριστού», και αργότερα «βασιλική και πατριαρχική μονή του Κυρίου και Θεού και Σωτήρος ημών Ιησού Χριστού του Παντοκράτορος», ονομασία που μας παραπέμπει στην, αρχαιότερη, ομώνυμή της βυζαντινή μονή που βρισκόταν στην Κωνσταντινούπολη, την περιώνυμη μονή Παντοκράτορος, στην οποία μόνασαν μεγάλες μοναστικές μορφές της βυζαντινής περιόδου. Κατέχει την έβδομη θέση στην ιεραρχία των είκοσι κυρίαρχων αθωνικών Μονών.
