Οκτώ παρεκκλήσια βρίσκονται εντός της Μoνής και άλλα επτά εκτός αυτής. Ειδικότερα, εντός της Moνής βρίσκονται τα παρεκκλήσια :
α) Του Aγίου Νικολάου, στη νότια πτέρυγα της Moνής, βορείως της κεντρικής πύλης. Οικοδομήθηκε τον 16ο αιώνα, ανακαινίσθηκε και αγιογραφήθηκε το 1857, ενώ το επιχρυσωμένο ξυλόγλυπτο τέμπλο του χρονολογείται τον 19ο αιώνα.
β) Της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, εντός του Καθολικού, το οποίο καταλαμβάνει, όπως προαναφέρθηκε, το βορειοανατολικό τμήμα της Λιτής και θεωρείται κτητορικό κτίσμα.
γ) Των Αγίων Ανδρέου και Ιωαννικίου στην βορειοανατολική γωνία της Μονής, το οποίο ανακαινίσθηκε το 1781. Ως κτήτορές του φέρονται, σύμφωνα με επιγραφή στον βόρειο εξωτερικό τοίχο ο σκευοφύλακας Κύριλλος και ο Γεώργιος, χορηγοί και αυτοί της ανοικοδομήσεως ολόκληρης της βόρειας πτέρυγας κατά το ίδιο έτος.
δ) Των Αγίων Αρχαγγέλων, το οποίο ανακαινίσθηκε το ίδιο έτος επάνω από το προηγούμενο παρεκκλήσιο, κοντά στο Ηγουμενείο. Ο Κύριλλος που μνημονεύεται στην κτητορική επιγραφή ταυτίζεται με τον σκευοφύλακα Κύριλλο, που χρηματοδότησε την ανέγερση και του προηγούμενου παρεκκλησίου.
ε) Του Αγίου Γεωργίου. Βρισκόταν παλαιότερα στην ανατολική πτέρυγα και κοσμούνταν από τοιχογραφίες και ξυλόγλυπτο τέμπλο. Καταστράφηκε από την πυρκαγιά του 1948 και ανοικοδομήθηκε στον τρίτο όροφο της βόρειας πτέρυγας το έτος 2000.
ς) Της Αναλήψεως, στον πέμπτο όροφο του Πύργου. Το παρεκκλήσιο αυτό είχε καταστραφεί κατά τη διάρκεια μιας πειρατικής επιδρομής τον 16ο ή 17ο αιώνα. Κατά την παράδοση, εντός του παρεκκλησίου σφαγιάσθηκαν οι πατέρες της Μονής, που είχαν καταφύγει εκεί. Το παρεκκλήσιο αυτό ανακαινίσθηκε προσφάτως, μαζί με τον Πύργο.
ζ) Του Τιμίου Προδρόμου, στη δυτική πτέρυγα, όπου υπήρχε παλαιά πύργος. Πιθανότατα βρισκόταν στην κορυφή του πύργου κατά τη βυζαντινή περίοδο, ενώ το 1750, όταν μετριάστηκε το ύψος του πύργου, ανακατασκευάστηκε με δαπάνες του προηγουμένου Μαρκιανού, ο οποίος εικονίζεται δεόμενος στην εικόνα του αγίου Μαρκιανού στο ξυλόγλυπτο τέμπλο. Αγιογραφήθηκε το 1819 από τους Γαλατσαναίους αδελφούς Μακάριο και Βενιαμίν, με χορηγό τον Χατζή Χρήστο τον εκ Μαγνησίας, ο οποίος απεικονίζεται στο νότιο τοίχο του παρεκκλησίου.
η) Του Αγίου Παντελεήμονος, στον πύργο επάνω από την πύλη της Μονής.
