Τα εκτός της Μονής παρεκκλήσια είναι τα έξης:
α) Ο παλαιός μονόχωρος, καμαροσκεπής ναός του Οσίου Αθανασίου του Αθωνίτου, έμπροσθεν της νότιας πτέρυγας της Μονής, στην απόληξη του βραχώδους εξάρματος. Πρόκειται για σημαντικότατο κτητορικό κτίσμα, το οποίο λειτούργησε ως κοιμητηριακός ναός έως το 1771. Το υπόγειό του χρησιμοποιείται μέχρι σήμερα ως οστεοφυλάκιο. Εντός του παρεκκλησίου έχουν διασωθεί τμήματα από το αρχικό μαρμάρινο τέμπλο, καθώς και από το μαρμαροθέτημα του δαπέδου.
β. Των Οσίων Ονουφρίου και Πέτρου του Αθωνίτου, στο ομώνυμο κάθισμα, σε μικρή απόσταση βορείως της Μονής, όπου κατά την παράδοση ασκήτευσαν ο άγιος Κάλλιστος Α´, πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως, και ο άγιος Θεωνάς, μητροπολίτης Θεσσαλονίκης.
γ) Του Μεγάλου Αθανασίου, το οποίο, σύμφωνα με την παράδοση, συνδέεται με την επιλογή της τοποθεσίας για την ανέγερση της Μονής με θαυματουργικό τρόπο από την εικόνα της Παναγίας της Γεροντίσσης. Έχει διασωθεί μια επιγραφή, στην οποία μαρτυρείται μια ανακαίνιση του παρεκκλησίου το 1638.
δ) Τον Αγίου Τρύφωνος. Στο ομώνυμο κάθισμα στον κήπο της Μονής, το οποίο μνημονεύεται ήδη από τον 17o αιώνα.
ε) Των Αγίων Αναργύρων, στο ομώνυμο κάθισμα, που αποτελεί σήμερα τον κοιμητηριακό ναό της Μονής και φέρει ως χρονολογική ένδειξη το έτος 1771.
στ) Των Αγίων Αποστόλων, στο ομώνυμο κάθισμα.
ζ) Της Αγίας Άννης, επίσης στο ομώνυμο κάθισμα, το οποίο σήμερα βρίσκεται σε ερειπιώδη κατάσταση.
