Η έκρηξη της αποτυχημένης επανάστασης του 1821 στη Μακεδονία, στην οποία πρωτοστάτησε ο Ξενοφωντινός μοναχός Γεδεών, οδήγησε στη διακοπή των σημαντικότατων για τη Μονή οικοδομικών εργασιών, ενώ μετά την αποτυχία της η Μονή πλήρωσε βαρύ τίμημα. Τέσσερις, τουλάχιστον, Ξενοφωντινοί μοναχοί, οι Χρύσανθος, Νεόφυτος, Ισαάκ και Ξενοφών μαρτύρησαν. Οι περισσότεροι πατέρες της Μονής αναγκάστηκαν να την εγκαταλείψουν και να καταφύγουν στη Σκόπελο, φυγαδεύοντας ταυτοχρόνως εκεί και τα κειμήλιά της, ενώ η Μονή καταλήφθηκε από τούρκους στρατιώτες.
