Η Μονή παρέμεινε υπό το καθεστώς της ιδιορρυθμίας ως το έτος 1784. Τότε, το Οικουμενικό Πατριαρχείο, μετά από σχετικό αίτημα των πατέρων της Μονής, αποφάσισε την επανακοινοβιοποίησή της. Πρόκειται για ένα σημαντικό σταθμό όχι μόνον για την ιστορική πορεία της Μονής αλλά και ολοκλήρου του Αγίου Όρους, διότι συνιστά την πρώτη επαναφορά Μονής στο αρχέτυπο κοινοβιακό σύστημα. Ως το πλέον κατάλληλο πρόσωπο για την ηγουμενία ορίστηκε ο δραστήριος ιερομόναχος Παΐσιος ο Καυσοκαλυβίτης. Yπό την εμπνευσμένη ηγουμενία του, η Μονή κατόρθωσε να αντιμετωπίσει το δυσβάστακτο χρέος της. Ο Παΐσιος ευεργέτησε πολλαπλώς τη Μονή, αναδεικνύοντάς την πνευματικά και πρωτοπορώντας στην ανακαίνισή της. Το επιτυχές παράδειγμα της κοινοβιοποιήσεως της Μονής Ξενοφώντος ακολούθησαν μερικά χρόνια αργότερα και άλλες ιδιόρρυθμες Μονές.
