Το 1614 σημειώθηκαν σημαντικές ανακαινιστικές εργασίες στον χώρο του Ιερού Βήματος, το οποίο επεκτάθηκε κατά 5 μέτρα προς τα ανατολικά, ενώ στις δύο γωνίες του, τη βορειοανατολική και τη νοτιοανατολική, κατασκευάστηκαν τα Τυπικαριά, δύο πολυγωνικές κατασκευές, στεγασμένες με τρούλλους.
Ο Κυρίως Ναός διαχωρίζεται από τον χώρο του Ιερού Βήματος με το εξαιρετικής τέχνης επιχρυσωμένο ξυλόγλυπτο τέμπλο, το τρίτο στην ιστορία του Καθολικού, το οποίο κατασκευάστηκε το 1640, από τον Χρύσανθο Κληέντη και είναι διακοσμημένο με φυτικά θέματα. Η ανακαίνιση του Τέμπλου μαρτυρείται από μια εξαιρετικά σημαντική επιγραφή, όχι μόνο επειδή σε αυτήν παρέχονται χρονολογικά και προσωπογραφικά στοιχεία για την κατασκευή του, αλλά και διότι, σύμφωνα με τον αρχαιολόγο Ι. Παπάγγελο, πρόκειται για την πρώτη φορά που χρησιμοποιείται ο όρος «τέμπλον» για να δηλώσει το σύνολο του φράγματος του πρεσβυτερίου και όχι μόνο το επιστύλιο.
Το τέμπλο κοσμείται κυρίως από τις δύο θαυμάσιες εικόνες του Χριστού Παντοκράτορος και της Θεοτόκου της «Πάντων Χαράς», έργα του Θεοφάνους του Κρητός (1535-1546). Η εικόνα του Τιμίου Προδρόμου, με σκηνές από τον βίο και τον μαρτυρικό θάνατό του περιμετρικά, δωρήθηκε το 1655 από τον ιερομόναχο Αντώνιο τον Χιλανδαρινό. Εξίσου ενδιαφέρουσα είναι και η εικόνα των Αρχαγγέλων, δεξιά της εικόνας του Παντοκράτορος, η οποία χρονολογείται τον 17ο αιώνα. Περιμετρικά ιστορούνται θαύματα των Αρχαγγέλων, με πλέον αξιοπρόσεκτη την απεικόνιση του θαύματος της Moνής Δοχειαρίου σε τέσσερις σκηνές, την παλαιότερη σωζόμενη σε φορητή εικόνα. Στη δεύτερη ζώνη του τέμπλου είναι τοποθετημένες εικόνες του δωδεκαόρτου, ενώ στην κορυφή του δεσπόζει ο εντυπωσιακός σε διαστάσεις Εσταυρωμένος, έργο Κρητικού εργαστηρίου του τέλους του 16ου αιώνος, του οποίου τα «Λυπηρά» (η θρηνούσα Θεοτόκος και ο Ιωάννης ο Θεολόγος) φυλάσσονται στο Σκευοφυλάκιο της Moνής.
Τα επιχρυσωμένα ξυλόγλυπτα βημόθυρα του τέμπλου είναι έργο του ιερομονάχου Ησαΐα και κοσμούνται με 31 μικρογραφίες προφητών και αποστόλων, καθώς και με τα θέματα της Σταυρώσεως και του Ευαγγελισμού. Χρονολογούνται το 1622, σύμφωνα με σχετική επιγραφή που επεκτείνεται και στα δύο βημόθυρα.
Εντός του Ιερού Βήματος δεσπόζει το ξυλόγλυπτο κιβώριο, το οποίο σκεπάζει την μαρμάρινη Αγία Τράπεζα. Στο εσωτερικό του έχει ιστορηθεί η επουράνιος Λειτουργία.
