Τιμώμενη στο Γενέσιον της Θεοτόκου, βρίσκεται κοντά στη θάλασσα, σε επικλινή τοποθεσία στην νοτιανατολική πλευρά του Άθω. Η απόστασή της από την Μονή δεν ξεπερνά τα 30 λεπτά πεζή. Υπάρχουν συγκεχυμένες μαρτυρίες πως τον 10ο αιώνα ήταν κτισμένη ψηλότερα, έφερε την ονομασία του Βενεδίκτου ή του Σταυρού και το Κυριακό της ήταν στη θέση της σημερινής Καλύβης των Αγίων Αναργύρων. Το 2ο μισό του 11ου αιώνα η Σκήτη μεταφέρθηκε προς τη θάλασσα και το Κυριακό της οικοδομήθηκε εκεί που σήμερα βρίσκεται η Καλύβη της Υπαπαντής. Εκείνη την περίοδο, επί Κομνηνών, κτίστηκε και ο οχυρωματικός Πύργος, όπου υπήρχε παρεκκλήσιο της Αγίας Άννης, το οποίο λειτουργούσε μέχρι το 1950. Η Σκήτη ονομαζόταν και Σκήτη του Πύργου, όπως τη συναντούμε σε χειρόγραφο του 1756 και σε αντίγραφο χειρογράφου του 1814, και εκτιμάται πως είχε αυτό το όνομα μέχρι το 1819, οπότε και έλαβε την ονομασία Νέα Σκήτη ή Σκήτη της Θεοτόκου. Ωστόσο, σε χειρόγραφα της Σκήτης αναφέρεται σε σιγγίλιο του Πατριάρχη Κυπριανού, του 1709, ως Νέα Σκήτη, παρόλο που ιδρύθηκε το 1753, με άδεια από τη Μονή. Η παραπάνω πληροφορία προέρχεται από χειρόγραφα του Κυριακού. Το 1819 η Νέα Σκήτη με σιγγίλιο του Πατριάρχη Γρηγορίου Ε΄ κατοχυρώθηκε στη Ιερά Μονή Αγίου Παύλου. Η σημερινή μορφή της Σκήτης ιστορείται από το 1850 και μετά.
Το Κυριακό της Σκήτης είναι αφιερωμένο στη Γέννηση της Θεοτόκου και η ανέγερση του ξεκίνησε το 1730 και ολοκληρώθηκε το 1757 με δωρεά κατοίκων των Ιωαννίνων. Φέρει νάρθηκα και εξωνάρθηκα και είναι ιστορημένος με τοιχογραφίες. Φέρει ξυλόγλυπτη Αγία Τράπεζα. Το 1901 κτίστηκε στο Κυριακό το Παρεκκλήσι του Αγίου Κωνσταντίνου, όπου ετάφησαν οι αρχιερείς Θεοφάνης Λακεδαιμονίας, Βησσαρίων Ραψάνης και Γεράσιμος Χαλεπίου. Στο προαύλιο του Κυριακού βρίσκεται ο κοιμητηριακός ναός των Αγίων Πάντων και λίγο πιο πέρα το οστεοφυλάκιο.
Στη Βιβλιοθήκη του Κυριακού φυλάσσονται χειρόγραφα, αντίγραφα του 19ου αιώνα του γνωστού αντιγραφέα και λόγιου μοναχού Ιακώβου και έντυπα βιβλία. Στο Σκευφυλάκιο φυλάσσονται εικόνες, άμφια, σταυροί, εγκόλπια, ράβδοι και ιερά λείψανα αγίων.
Η Νέα Σκήτη έχει περίπου 30 Καλύβες, με μικρό ναό στις περισσότερες από αυτές και μικρή έκταση γης. Εκεί εγκαταβιούν περί τους 60 μοναχούς. Τα εργόχειρα των μοναχών είναι η αγιογραφία, με σπουδαίους τους Κυριλλαίους, του Αβραμαίους, τους Σπυριδωναίους, η ξυλογλυπτική, η χρυσοχοΐα και οι αγροτικές εργασίες, κυρίως η καλλιέργεια εσπεριδοειδών.
Σημαντικοί άγιοι και ασκητές που εγκαταβίωσαν στην Σκήτη ήταν ο οσιομάρτυς Παχώμιος από τη Βόρειο Ήπειρο, ο Γέρων Ιωσήφ ο Ησυχαστής, ο άγιος Ιλαρίων ο Νέος ο Ιβηρίτης, και από τον κύκλο των Κολλυβάδων ο άγιος Νικόδημος ο Αγιορείτης, ο Κύριλλος ο Φιλόσοφος, ο Αθανάσιος από το Μεσολόγγι κ.ά.
