Στις 6 Μαΐου του 1992 πραγματοποιήθηκε στη Μονή κοινή συνεδρίαση με την συμμετοχή τριμελούς Πατριαρχικής Εξαρχίας, Ιεροκοινοτικής Επιτροπής και της Γεροντικής Ιεράς Συνάξεως της Μονής. Εκεί, αποφασίσθηκε από κοινού η επαναφορά της Ιεράς Μονής Παντοκράτορος –της τελευταίας αγιορειτικής Μονής που λειτουργούσε υπό το καθεστώς της ιδιορρυθμίας– στο κοινοβιακό σύστημα. Επιπλέον, αποφασίσθηκε ομοφώνως από την Γεροντική Ιερά Σύναξη η επάνδρωση της Μονής από δεκατριμελή Συνοδεία, προερχόμενη από την Ιερά Μονή Ξενοφώντος. Πρώτος καθηγούμενος της κοινοβιακής Μονής του Παντοκράτορος εξελέγη ο μακαριστός ιερομόναχος Βησσαρίων(Μακρυγιάννης) ο Ξενοφωντινός, ο οποίος ενθρονίσθηκε από την Ιερά Κοινότητα στις 8 Ιουνίου 1992, Κυριακή των Αγίων Πάντων, και έλαβε κατά το έθος την ηγουμενική ράβδο από τον πρώτο τη τάξει αντιπρόσωπο της πενταμελούς Ιεροκοινοτικής Επιτροπής, Γέροντα Βαρθολομαίο μοναχό Λαυρεώτη, ως διάδοχο του οσίου Αθανασίου του Αθωνίτου, κτίτορος της πρώτης κοινοβιακής Μονής στο Άγιον Όρος. Στα λίγα χρόνια της ηγουμενίας του πατρός Βησσαρίωνα (6/19 Μαΐου 1992-2/15 Ιουλίου 2001), η Μονή αναδιοργανώθηκε και ξεκίνησαν οι εργασίες για την ανακαίνιση αρκετών κτισμάτων της. Για το λόγο αυτό μάλιστα ανακηρύχθηκε νέος κτήτορας. Το έργο του όμως διέκοψε αιφνίδια ασθένεια που τον οδήγησε στην απόφαση να παραιτηθεί από την ηγουμενία στις 2 Ιουλίου 2001. Λίγους μήνες αργότερα κοιμήθηκε, στις 20 Σεπτεμβρίου.
