Η κατάσταση μετά την έκρηξη της ελληνικής επανάστασης και την αποτυχία της εξέγερσης στη Μακεδονία, το 1821, επηρέασε την Ιερά Μονή Καρακάλλου εξίσου με τα υπόλοιπα αγιορείτικα Μοναστήρια. Σε όλα εγκαταστάθηκαν τουρκικά στρατεύματα και τα επιβάρυναν με τις δαπάνες συντήρησής τους. Βαρύς έκτακτος φόρος επιβλήθηκε συλλογικά, ενώ και οι τακτικοί φόροι διπλασιάστηκαν. Τα μετόχια της Χαλκιδικής υπέστησαν βαριές ζημίες, τα χρέη διογκώθηκαν, μεγάλος αριθμός μοναχών εγκατέλειψε τον Άθωνα. Μεταξύ 1823-1830 απέμειναν στο Άγιον Όρος λιγότεροι από 1.000 μοναχοί. Επί μία πενταετία το Μοναστήρι υπέστη ζημίες στα μετόχια στη Χαλκιδική και στον Στρυμόνα. Μετά από την αποχώρηση των τουρκικών στρατευμάτων το 1830, η επικοινωνία με τα μετόχια αποκαταστάθηκε, η οικονομική κατάσταση βελτιώθηκε σταδιακά, ο αριθμός των μοναχών άρχισε να αυξάνεται. Είναι γνωστό μεταξύ άλλων ότι το 1854 ο ηγούμενος της Ιεράς Μονής Καρακάλλου Δαμασκηνός δώρισε στον οπλαρχηγό Τσάμη Καρατάσο ένα ωραίο άλογο, πράγμα που έγινε αιτία να χάσει τη θέση του και να απομακρυνθεί και από την ίδια τη Μονή.
