Στον μακρό βίο της, η Μονή πέρασε αμέτρητες δυσκολίες, φωτιές, διωγμούς, οικονομικά προβλήματα· ωστόσο δεν ερήμωσε ποτέ. Η άφιξη του αρχιμανδρίτη Αλεξίου και της συνοδείας του από το Μεγάλο Μετέωρο το 1976 έδωσε νέα ζωή στο μοναστήρι. Κατά την διάρκεια της ηγουμενίας του, η οποία συνεχίζει ακόμη, τα κτίρια αναστηλώθηκαν με προσοχή και η δραστήρια αδελφότητα αναπτύσσεται διαρκώς. Σήμερα η Ιερά Μονή Ξενοφώντος μαζί με τα εξαρτήματά της αριθμεί περίπου 50-55 μοναχούς.
