Δύο μήνες αργότερα μετάνοιωσε, πήγε και βρήκε κρυφά τον πατέρα του κι εκείνος τον φυγάδεψε στο χωριό Κεραμίδι. Από εκεί μαζί με μερικούς τεχνίτες ταξίδεψε στην Κρήτη. Οι τεχνίτες τον κακομεταχειρίζονταν και το παιδί τούς άφησε κι αφού περιπλανήθηκε συνάντησε σε εξωκκλήσι έναν ιερέα, ο οποίος είχε χάσει τον γιο του και τού πρότεινε να τον υιοθετήσει. Έμεινε στο σπίτι του ιερέα τρία χρόνια. Ο ιερέας πέθανε κι ο νεαρός έφυγε για το Άγιον Όρος. Κατέληξε στην Ιερά Μονή Καρακάλλου, όπου εξομολογήθηκε, κοινώνησε και μετά από δύο μήνες εκάρη μοναχός παίρνοντας το όνομα Γεδεών. Οι πατέρες τού ανέθεσαν το διακόνημα του Εκκλησιάρχη. Το 1797 ο Γεδεών διορίστηκε μετοχιάρης, μαζί με τον προηγούμενο Γαβριήλ, στο μετόχι της Μεταμορφώσεως στην περιοχή του Ρεθύμνου στην Κρήτη. Μετά από έξι χρόνια επέστρεψε στο Μοναστήρι, όπου συνέχισε την άσκησή του. Έκλαιγε διαρκώς για την άρνηση της πίστης του.
