Η Μονή ιδρύθηκε κατά το δεύτερο ήμισυ του 14ου αιώνος, σε μια περίοδο πνευματικής ακμής του Βυζαντίου, αλλά και ποικίλων αναταραχών στο πολιτικό και εκκλησιαστικό προσκήνιο της Βασιλεύουσας. Την ίδια περίοδο οι Σέρβοι με τον Στέφανο Δουσάν κατελάμβαναν σημαντικά εδάφη της Μακεδονίας, ενώ οι Τούρκοι περνούσαν για πρώτη φορά στην ευρωπαϊκή ήπειρο και κατελάμβαναν ευρωπαϊκά εδάφη με την κατάληψη της Καλλίπολης στη Θράκη. Ωστόσο, η αρχαία παράδοση της Μονής συνδέει την ίδρυσή της με το όνομα του αυτοκράτορος Αλεξίου Α´ του Κομνηνού (1081-1117). Σε μικρή απόσταση από τη θέση όπου κτίστηκε η Μονή προϋπήρχε, ήδη από τον 11ο αιώνα, το μονύδριο του Σωτήρος Χριστού. Σύμφωνα με τις πηγές, και πρωτίστως τα αρχαιότερα έγγραφα του αρχείου της Μονής, κτήτορές της υπήρξαν δύο επιφανείς Κωνσταντινουπολίτες αξιωματούχοι που έδρασαν στρατιωτικά κατά την περίοδο αυτή στη Μακεδονία, οι αδελφοί Αλέξιος και Ιωάννης, οι οποίοι κατά την περίοδο ιδρύσεως της Μονής έφεραν τους στρατιωτικούς τίτλους του μεγάλου στρατοπεδάρχου και μεγάλου πριμικηρίου αντιστοίχως. Οι στρατιωτικές τους επιτυχίες και η εξ αγχιστείας συγγενική τους σχέση με τον αυτοκράτορα Ιωάννη Ε´ Παλαιολόγο, τους κατέστησαν κατόχους μεγάλων εκτάσεων γης στην Ανατολική Μακεδονία (Χρυσούπολη, Ανακτορόπολη, Θάσο, Χριστούπολη), αρκετές από τις οποίες αργότερα δώρισαν στη Μονή. Ο ακριβής χρόνος ιδρύσεως της Μονής δεν μας είναι γνωστός. Εικάζεται, ωστόσο, ότι η ανέγερσή της πρέπει να άρχισε προ του έτους 1357 και πως πρέπει να ιδρύθηκε μεταξύ των μηνών Απριλίου και Αυγούστου αυτού του έτους. Την ίδια χρονική περίοδο (Απρίλιος 1357) ο αυτοκράτορας Ιωάννης Ε´ Παλαιολόγος και ο πατριάρχης Κάλλιστος Α´ επικύρωσαν με χρυσόβουλλο λόγο και σιγιλλιώδες γράμμα αντιστοίχως την παραχώρηση του Κελλιού του Ραβδούχου στις Καρυές προς τους δύο αδελφούς, από τον Πρώτο Δωρόθεο. Το Κελλί αυτό προσαρτήθηκε λίγο αργότερα στη Μονή, μετά την ίδρυσή της. Η Μονή εμφανίζεται και σε αγιορειτικά έγγραφα των αμέσως επομένων ετών, ενώ το Καθολικό της εγκαινιάσθηκε, σύμφωνα με σωζόμενη επιγραφή, το 1362/3 από τον πατριάρχη Κάλλιστο Α´, ο οποίος και την ανεκήρυξε πατριαρχική, ενώ από το 1367 χαρακτηρίζεται και ως βασιλική. Ο ίδιος πατριάρχης εξέδωσε και τυπικό για τη Μονή, που δυστυχώς χάθηκε, με το οποίο μεριμνούσε για την ανεξαρτησία και την κοινοβιακή τάξη της Μονής, καθώς και για την πνευματική κατάσταση των μοναχών της. Λίγα χρόνια αργότερα, μεταξύ Μαρτίου του 1368 και Φεβρουαρίου του 1369, ο Αλέξιος απεβίωσε, πιθανότατα υπερασπιζόμενος το νησί της Θάσου από τους Τούρκους. Το κτητορικό έργο συνέχισε ο Ιωάννης μαζί με τη σύζυγό του Άννα Ασανίνα Κοντοστεφανίνα, όπως μαρτυρείται σε έγγραφα αυτής της περιόδου και κυρίως στη μερική Διαθήκη του Ιωάννου τον Αύγουστο του 1384. Η ασταθής πολιτική κατάσταση και οι στρατιωτικές επιτυχίες των Τούρκων οδήγησαν τον Ιωάννη στην απόφαση να ζητήσει από τον Βενετό δόγη Ανδρέα Κονταρίνι το δικαίωμα του Βενετού πολίτη, το οποίο και έλαβε τον Ιανουάριο του 1374, χωρίς όμως να καταφύγει ποτέ στη Βενετία. Παρέμεινε στη Μακεδονία, συνεχίζοντας την προάσπιση των βυζαντινών κτήσεων που του ανήκαν, όπως του Μαρμαρολιμένα της Θάσου, όπου ανήγειρε πύργο και τείχος, αλλά και των δωρεών προς τη Μονή του. Παρέμεινε ενεργός τουλάχιστον ως τα τέλη του έτους 1384, οπότε και αποσύρθηκε στη Μονή, όπου έζησε τα τελευταία χρόνια της ζωής του. Σύμφωνα με την παράδοση της Μονής, ο Ιωάννης εκάρη μοναχός, λαμβάνοντας το μοναχικό όνομα Ιωαννίκιος. Μνημείο της παρουσίας του και του θανάτου του στη Μονή περί το 1386/7 παραμένει ο «τάφος των κτητόρων», που βρίσκεται σήμερα στη βόρεια πλευρά της Λιτής, εντός του Καθολικού. Ο τάφος καλυπτόταν με ψευδοσαρκοφάγο, χρονολογούμενη τον 14ο αιώνα, τμήμα της οποίας έχει διασωθεί.
