Ο αρχικός ναός εγκαινιάσθηκε περί το 1363. Με τα εγκαίνιά του σχετίζεται προφανώς η μαρμάρινη επιγραφή που σήμερα είναι εντοιχισμένη στην κλίμακα που οδηγεί από τον Εξωνάρθηκα στο Κωδωνοστάσιο:
† ΜΝΗΣΘΗΤΙ ΚΥΡΙΕ ΤΩΝ ΣΩΝ ΔΟΥΛΩΝ ΑΛΕΞΙΟΥ ΚΑΙ ΙΩΑΝΝΟΥ ΤΩΝ ΚΤΗΤΟΡΩΝ ΚΑΙ ΑΥΤΑΔΕΛΦΩΝ. ΕΓΕΝΕΤΟ ΕΝ ΕΤΕΙ ϛΩΟΑ (= 1363) †
Τέσσερις μαρμάρινοι κίονες βαστάζουν τον κεντρικό τρούλλο, σχηματίζοντας ταυτοχρόνως, βορείως και νοτίως, τις κόγχες των χορών, που στεγάζονται με τεταρτοσφαίρια. Στο κέντρο περίπου του Κυρίως Ναού, δεξιά και αριστερά δεσπόζουν τα δύο μαρμάρινα προσκυνητάρια, έργα του Τήνιου γλύπτη Γεωργίου Φιλιππότη και δωρεές των μοναχών Ακινδύνου του εξ Άνδρου και Θεοφίλου του Λεσβίου, τα οποία κατασκευάστηκαν το 1896. Σ᾿ αυτά είναι τοποθετημένες η νέα ψηφιδωτή εικόνα της Μεταμορφώσεως και η εφέστιος θαυματουργή εικόνα της Παναγίας της Γεροντίσσης αντίστοιχα.
Αξίζει να σημειωθεί ότι η παρουσία αυτής της μεγάλων διαστάσεων (1,96 × 0,76 μ.) εικόνας στον Κυρίως Ναό είναι πράγματι επιβλητική, καθώς η Θεοτόκος απεικονίζεται ολόσωμη, σε στάση δεξιόστροφης δέησης, στον τύπο της Αγιοσορείτισσας. Σύμφωνα με την παράδοση της Μονής, την εικόνα μετέφεραν από την Κωνσταντινούπολη οι κτήτορες, όταν επρόκειτο να θεμελιώσουν το μοναστήρι. Την έθεσαν στο σημείο όπου είχαν επιλέξει και άρχισαν τις εργασίες. Το επόμενο πρωί, όμως, η εικόνα βρέθηκε στο σημείο όπου βρίσκεται σήμερα η Μονή. Την επανέφεραν στο αρχικό Μέρος και συνέχισαν τις εργασίες. Την άλλη μέρα η εικόνα βρέθηκε για δεύτερη φορά στη σημερινή τοποθεσία της Μονής. Μετά από τρίτη επανάληψη του θαύματος, οι κτήτορες οικοδόμησαν τη Μονή στο σημείο που επέλεξε η Παναγία. Η αρχική θέση που είχαν επιλέξει οι κτήτορες ταυτίζεται με το σημείο όπου βρίσκεται σήμερα το παρεκκλήσιο του Μεγάλου Αθανασίου, 500 περίπου μέτρα βορειοδυτικά της Μονής.
Η αργυρή επένδυση της εικόνας, η οποία κατασκευάστηκε στη Μόσχα το 1847, αποτελεί, κατά την παράδοση, δωρεά Κωνσταντινουπολίτισσας αρχόντισσας, από την οποία ζήτησε η Παναγία να της αφιερώσει την επένδυση.
Ένα ακόμη προσκυνητάριο, παραπλεύρως του δεξιού μαρμάρινου προσκυνηταρίου, όπου τίθεται η εικόνα της εορτής της ημέρας, αφιερώθηκε από τον ιερομόναχο Άνθιμο τον Σιφναίο το έτος 1716 και είναι διακοσμημένο με φυτευτό ελεφαντόδοντο, φίλντισι και ταρταρούγα, κλασικό δείγμα της διακοσμητικής τέχνης που κυριαρχεί στην ανατολική Μεσόγειο κατά την περίοδο αυτή. Παρόμοιας τέχνης είναι και τα δύο αναλόγια των χορών, κατασκευασμένα το 1637 στην Καφφά (Θεοδοσία-Θεοδοσιούπολη), όπως σημειώνεται σε σχετική επιγραφή.
