Το σημερινό τέμπλο του καθολικού είναι ένα δείγμα ξυλογλυπτικής υψηλής ποιότητας του 18ου αιώνα, από ξύλο καρυδιάς, επιχρυσωμένο, με πλούσιο φυτικό διάκοσμο. Σύμφωνα με γραπτή μαρτυρία, μετά την κατασκευή του μεταφέρθηκε στη μονή το 1796, αφού καταβλήθηκαν 2.827 γρόσια. Ο μετέπειτα ηγούμενος Στέφανος Βιζυώτης στάλθηκε στην Κωνσταντινούπολη και αγόρασε το 1803 καθαρό χρυσό για την επιχρύσωση, ο οποίος κόστισε 2.000 γρόσια που διέθεσε ο Διονυσιάτης μοναχός Χατζή Αγγελάκης.
Το παλαιότερο τέμπλο, τμήματα του οποίου διατηρούνται πίσω από το νεότερο, είχε κατασκευαστεί το 1553 με δαπάνη του ηγεμόνα Αλέξανδρου Λεπουσνεάνου, λίγο μετά το κτίσιμο του ναού. Αυτό έγινε πρόσφατα γνωστό από επιγραφή που ανακαλύφθηκε επάνω σε μεταξωτή ταινία. Δείγμα της σπουδαίας τέχνης του παλαιού τέμπλου δίνουν δύο ζωγραφισμένα μέρη του που έχουν επίσης διατηρηθεί: ο άγιος Ιωάννης ο Θεολόγος από τα λυπηρά, και ο μεγάλος Εσταυρωμένος.
Ο δεσποτικός θρόνος είναι επίσης σκαλισμένος σε ξύλο καρυδιάς και είναι αφιερωμένος στον άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο. Φέρει ανάγλυφες τις παραστάσεις του Γενεσίου και της Αποτομής της κεφαλής του Προδρόμου, ενός αγγέλου με το ζυγό της δικαιοσύνης και δύο αμφιεσμένων διακόνων. Στο ερεισίνωτο (στήριγμα πλάτης), υπάρχει εικόνα του Προδρόμου του 15ου αιώνα.
Έργο εξαιρετικής τέχνης είναι και το προσκυνητάρι, με ελεφαντόδοντο και σεντέφι, που έχει τετράγωνο σχήμα, με κιονίσκους που στηρίζουν πέντε μικρούς τρούλους. Φέρει την χαρακτηριστική επιγραφή: Δέξε δῶρον Βαπτηστά· εὐτελοῦς Ἠσαΐου· ᾳψζ´[1707].
Τέσσερα ακόμη προσκυνητάρια στους δυτικούς κίονες, συγγενεύουν με το κιβώριο της Αγίας Τράπεζας. Όλα είναι επιχρυσωμένα ξυλόγλυπτα. Το κιβώριο είναι εσωτερικά ζωγραφισμένο κι έχει επιγραφή που το χρονολογεί ακριβώς: Νικοδίμου ὑεροδιακόνου και | σκευοφίλαξ ἔτος ᾳχπε´[1685].
