Το πιο σημαντικό χειρόγραφο της μονής Παντοκράτορος είναι το περγαμηνό ψαλτήρι του 9ου αιώνα με τον αριθμό 61. Είναι ένα από τα τρία σωζόμενα ψαλτήρια που έγιναν αμέσως μετά το τέλος της εικονομαχίας και έχουν την ιδιαιτερότητα να είναι διακοσμημένα στο περιθώριο του κειμένου με εικονόφιλα θέματα. Οι μικρογραφίες, που είναι ζωγραφισμένες σε σχετικά ελεύθερο ύφος, αντλούν από τους ψαλμούς επιχειρήματα για έντονη πολεμική κατά της εικονομαχίας. Τα περγαμηνά φύλλα του κώδικα 61 είχαν ήδη χρησιμοποιηθεί παλαιότερα σε άλλο βιβλίο, με κεφαλαιογράμματη γραφή, και κατόπιν σβήστηκαν ώστε να γραφτεί αυτό το ψαλτήρι· η περγαμηνή ήταν ακριβό υλικό. Το παλίμψηστο αυτό χειρόγραφο, με την μακρά του ιστορία, είναι μια ανεκτίμητη ζωντανή μαρτυρία της εικονομαχικής διαμάχης.
