Το 1287 ξεκίνησε μια μακροχρόνια διαμάχη για θέματα συνόρων ανάμεσα στις Ιερές Μονές Καρακάλλου και Μεγίστης Λαύρας, η οποία έμελλε να κρατήσει ως το τέλος του 16ου αιώνα. Είναι πιθανό η υπόθεση αυτή να δημιούργησε την ανάγκη για την έκδοση χρυσόβουλλου το 1294 από τον αυτοκράτορα Ανδρόνικο Β΄ Παλαιολόγο, το οποίο διατηρείται στο αρχείο. Είναι το παλαιότερο έγγραφο που αποτυπώνει την περιουσιακή κατάσταση του Μοναστηριού, τα μετόχια και τα κτήματά του εντός και εκτός Αγίου Όρους. Εμφανίζει εικόνα οικονομικής και δημογραφικής ανάπτυξης, μετά από περίοδο σοβαρών δυκολιών. Το προοίμιο του χρυσόβουλλου αναφέρεται στις πολλαπλές ευεργετικές παρεμβάσεις του πατριάρχη Αθανασίου Α´ προς τον αυτοκράτορα για την έκδοση διαταγμάτων υπέρ της Μονής, στην οποία παλαιότερα διέμενε. Αν και άγνωστη από αλλού, η πληροφορία θεωρείται ακριβής, δεδομένου ότι ο αυτοκράτορας είχε στενή φιλία με τον Αθανάσιο και γνώριζε προσωπικά τον πρότερο μοναστικό του βίο στον Άθωνα. Ο πατριάρχης Αθανάσιος, φωτισμένος και αυστηρός ασκητής, υπέρμαχος της ορθοδοξίας και της συνέπειας στην τήρηση των μοναστικών κανόνων, έμενε λοιπόν και στην Ιερά Μονή Καρακάλλου, ίσως κατά την δεύτερη παραμονή του στο Άγιον Όρος, γύρω στο 1278.
