Το Καθολικό, το κέντρο της ζωής της αδελφότητας, είναι αφιερωμένο στον Τίμιο Πρόδρομο και έχει θεμελιωθεί στην κορυφή της πέτρας. Καθώς ο αρχικός βυζαντινός ναός καταστράφηκε από πυρκαγιά, το Καθολικό ανοικοδομήθηκε εκ νέου και ιστορήθηκε την περίοδο 1535-1547 με χορηγία του Πέτρου Ράρες. Δύο επιγραφές μαρτυρούν για την σημαντική χορηγία: η μία κάτω από την Κοίμηση που βρίσκεται πάνω από την κεντρική είσοδο της λιτής προς τον κυρίως ναό. Η άλλη κάτω από τα πορτρέτα του ηγεμόνα και της οικογένειάς του, στο νότιο τοίχο. Οι τοιχογραφίες είναι έργο του σπουδαίου ζωγράφου Τζώρτζη του Κρητός, ο οποίος ιστόρησε τους τοίχους του Καθολικού με μορφές χαρακτηριστικά μνημειώδεις, με ήσυχα και στοχαστικά πρόσωπα.
