Το 1392, μια πυρκαγιά κατέστρεψε σημαντικό μέρος των κτιρίων, ανάμεσά τους και το αρχείο του Μοναστηριού. Εκτός από την απαραίτητη ανοικοδόμηση, οι πατέρες χρειάστηκε να καταπιαστούν και με την επανέκδοση των σημαντικότερων εγγράφων που διασφάλιζαν τα δίκαια του Μοναστηριού. Μεταξύ αυτών σώζονται σήμερα τρία χρυσόβουλλα του αυτοκράτορα Μανουήλ Β´ Παλαιολόγου, του 1393, 1394 και 1396, που επικυρώνουν τις κτήσεις του Μοναστηριού στην Λήμνο και την Ανατολική Μακεδονία. Ακολούθησαν τέσσερα σιγίλλια του οικουμενικού πατριάρχη Αντωνίου Δ: τα δύο επικυρώνουν την κυριότητα των μετοχίων στην Ανατολική Μακεδονία και την Λήμνο και τα άλλα δύο ρυθμίζουν ζητήματα σχετικά με την ανεξαρτησία της Μονής από τον Πρώτο του Αγίου Όρους και τις τοπικές εκκλησιαστικές αρχές, αλλά και με την ζωή της μοναστικής κοινότητας (π.χ. σχέσεις ηγουμένου-μοναχών).
