Οι αγιορείτες υποστήριξαν με κάθε μέσο την επανάσταση του Εμμανουήλ Παππά στην Ανατολική Μακεδονία το 1821, παραχωρώντας ακόμα και τα κανόνια των πύργων. Η αποτυχία της άνοιξε για το Άγιον Όρος τον ασκό του Αιόλου. Το 1822 οθωμανικά στρατεύματα μπήκαν στον Άθωνα και εγκαταστάθηκαν στα Μοναστήρια, υποχρεώνοντας τους μοναχούς να μεριμνούν για τη συντήρησή τους. Σε έγγραφό τους το 1827 οι επίτροποι της Μονής προηγούμενος Θεόκλητος και γέρων Αγάπιος αναφέρουν: «Καθώς είναι γνωστόν τοις πάσιν, υστερούμεθα και τον επιούσιον άρτον». Οι περισσότεροι μοναχοί ωστόσο, όπως και των υπόλοιπων Μοναστηριών, είχαν ήδη εγκαταλείψει το Άγιον Όρος. Με πλοίο της Μονής πέρασαν στην Θάσο και μετά στην Σκόπελο, μεταφέροντας μαζί τους όλα τα κειμήλια, τα οποία κατέγραψαν και παρέδωσαν στους αρεοπαγίτες εκπροσώπους της Βουλής της Κορίνθου Δρόσο Μανσόλο και Κυριακό Τασίκα, ώστε να εκποιηθούν για τις ανάγκες του Αγώνα. Σύμφωνα με τον υπουργό οικονομικών της Ελλάδος Κ. Νοταρά, το ασήμι και το χρυσάφι από τα λιωμένα κειμήλια της Μονής είχαν αξία 6.250 γρόσια. Όσα κειμήλια δεν χρησιμοποιήθηκαν μεταφέρθηκαν στη Μονή του Μεγάλου Σπηλαίου, απ᾽ όπου επιστράφηκαν το 1830, μετά την αποχώρηση του τουρκικού στρατού από το Άγιον Όρος, με ενέργειες του Ιωάννη Καποδίστρια.
