Στο βόρειο τμήμα του αύλειου χώρου της Μονής έχει ανεγερθεί το Καθολικό, αφιερωμένο στην εορτή της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος. Ως γνωστόν, η εορτή αυτή συνδέεται άμεσα με τη διδασκαλία περί του ακτίστου φωτός που είχαν διατυπώσει ο άγιος Γρηγόριος ο Παλαμάς και οι λοιποί Ησυχαστές πατέρες κατά τον 14ο αιώνα, λίγες δεκαετίες προ της ιδρύσεως της Μονής. Δεν είναι, λοιπόν, τυχαίο ότι αρκετά καθολικά Μονών που ιδρύθηκαν κατά την ίδια περίοδο αφιερώθηκαν στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος.
Αρχιτεκτονικά ο ναός ανήκει στον τύπο του τρίκογχου σταυροειδούς εγεγραμμένου ναού αγιορείτικου τύπου, με μια βασική όμως διαφοροποίηση, που προκύπτει από την επιμήκυνση της ανατολικής καμάρας και την προσθήκη δύο πολυγωνικών κατασκευών στις δύο γωνίες του Ιερού Βήματος (Τυπικαριών), η οποία καθιστά την αρχιτεκτονική του Καθολικού ιδιόμορφη.
Με βάση ποικίλες μαρτυρίες και τις νεότερες αρχαιολογικές έρευνες προκύπτει ότι το μολυβδοσκέπαστο Καθολικό πήρε τη σημερινή του μορφή μετά από τρεις οικοδομικές φάσεις. Η πρώτη χρονολογείται στην περίοδο ιδρύσεως της Μονής και περιλαμβάνει τον Κυρίως Ναό, το ανατολικό τμήμα της Λιτής και το παρεκκλήσιο της Κοιμήσεως της Θεοτόκου. Η δεύτερη χρονολογείται το 1614 και αφορά στην προέκταση του Ιερού Βήματος προς τα ανατολικά και η τρίτη σχετίζεται με τις σοβαρές παρεμβάσεις που πραγματοποιήθηκαν το 1847, με δαπάνη του αρχιμανδρίτη Μελετίου Κατσοράνου του Κυδωνιέως, στον Εξωνάρθηκα, τη Λιτή και το δάπεδο του Καθολικού.
