Ο χώρος της Λιτής (ή Εσωνάρθηκας), δυτικά του κυρίως Ναού, συνδέεται με αυτόν με μια κεντρική μαρμάρινη πύλη, την βασίλειο πύλη, η οποία ακολουθεί κλασικά πρότυπα, και δύο παραπόρτια εκατέρωθεν. Σημαντικές παρεμβάσεις στον χώρο της Λιτής πραγματοποιήθηκαν κατά την ανακαίνιση του 1847, έργο που πραγματοποίησε ο Τήνιος μάστορας Χατζη-Αντώνης Λύτρας, πατέρας του μεγάλου ζωγράφου Νικηφόρου Λύτρα, με δαπάνες του Παντοκρατορινού αρχιμανδρίτη Μελετίου Κατσοράνου του Κυδωνιέως, σύμφωνα με σωζόμενη επιγραφή στο εξωτερικό υπέρθυρο.
Τότε, οι δύο προϋπάρχοντες μικροί νάρθηκες ενώθηκαν και τοποθετήθηκε κοινή στέγη με τρεις τρούλλους, στηριζόμενη σε μαρμάρινους κίονες. Συγχρόνως κατεδαφίστηκε το παρεκκλήσιο των Τριών Ιεραρχών, που βρισκόταν στη δεξιά πλευρά της Λιτής, όπου βρισκόταν ο Τάφος των κτητόρων, καθώς και εξαιρετικές τοιχογραφίες του Θεοφάνους του Κρητός. Η ανακαίνιση αυτή, καθώς και η επιζωγράφηση των τοιχογραφιών μαρτυρείται και από δεύτερη επιγραφή, πάνω από το υπέρθυρο της κεντρικής πύλης, που συνδέει τη Λιτή με τον Κυρίως Ναό.
Στις αρχές του 18ου αιώνος προστέθηκε, με τη μορφή ανοικτής στοάς αρχικά, εξωνάρθηκας, που περιβάλλει τη Λιτή από δυτικά και νότια. Το τετράγωνο Κωδωνοστάσιο εδράζεται στον χώρο μεταξύ του παρεκκλησίου της Κοιμήσεως και του βορείου τοίχου του εξωνάρθηκα και χρονολογείται, με βάση κεραμικό στην κορυφή του, το 1735. Η παλαιότερη καμπάνα του Κωδωνοστασίου χρονολογείται το 1610 και είναι διακοσμημένη με μορφές Αγίων, ενώ, σύμφωνα με μαρτυρία του Μπάρσκυ, ο πύργος του Κωδωνοστασίου διέθετε και ρολόι, ο μηχανισμός του οποίου σώζεται μέχρι σήμερα.
