Διάφορες εικασίες έχουν γίνει κατά καιρούς για την προέλευση του ονόματος του Μοναστηριού. Μία το συνδέει με τον ρωμαίο αυτοκράτορα Καρακάλλα (188-207), ίσως μέσω κάποιου άγνωστου σήμερα ερειπίου ή τοπωνυμίου. Μάλιστα ένας δημοφιλής θρύλος, που παρέσυρε και τον ζωγράφο του ταφικού παρεκκλησίου, τον παρουσιάζει ως κτήτορα του Μοναστηριού, προσθέτοντας στον αναχρονισμό και μια ειρωνική χροιά, δεδομένου ότι ο Καρακάλλας ήταν γνωστός διώκτης των χριστιανών. Μια άλλη είναι εκείνη που είχε διατυπώσει ο πρώην αγιορείτης πατριάρχης Φιλόθεος Κόκκινος τον 14ο αιώνα, γράφοντας τον βίο του αγίου Γερμανού Μαρούλη: ότι ο κτήτορας λεγόταν Καράκαλος. Το όνομα όμως αυτό δεν συναντιέται νωρίτερα από τα τέλη του 13ου αιώνα, όπου ανήκει στον Μητροπολίτη Νικομηδείας (1289-1309). Ο γνωστός λόγιος εσφιγμενίτης μοναχός Γεράσιμος Σμυρνάκης αναφέρει το 1903 ότι ως κτήτορας της Μονής ψάλλεται και κάποιος Νικόλαος από την κωμόπολη Καρακάλλα, της οικογενείας Καρακάλλα, ο οποίος εκχριστιανίστηκε στα χρόνια του οσίου Αθανασίου του Αθωνίτη. Τέτοιο πρόσωπο ωστόσο δεν είναι γνωστό από καμμία ιστορική πηγή.
