Στη συνέχεια αυτών των γεγονότων οι περισσότεροι πατέρες της Μονής αναγκάστηκαν, όπως και πολλοί άλλοι αγιορείτες μοναχοί, να την εγκαταλείψουν και να καταφύγουν στο Ξενοφωντινό μετόχι του Σωτήρος στη Σκόπελο. Εκεί φυγάδευσαν και τα κειμήλιά της. Η Μονή καταλήφθηκε από Τούρκους στρατιώτες.
