Το γεγονός της απώλειας σημαντικών βυζαντινών και μεταβυζαντινών εγγράφων από το αρχείο της Μονής, μας στερεί τη δυνατότητα να γνωρίζουμε σε ικανοποιητικό βαθμό την ιστορία της κατά τούς επόμενους βυζαντινούς αιώνες. Μας έχουν διασωθεί όμως σποραδικές πληροφορίες ότι αλώθηκε το 1285 από πειρατές και πολλοί μοναχοί σφαγιάσθηκαν, ενώ το έτος 1307 λεηλατήθηκε από τους Καταλανούς μισθοφόρους. Ωστόσο, κατά τον 14ο αιώνα τέθηκε υπό βασιλική πρόνοια και χαρακτηρίζεται στα έγγραφα αυτής της περιόδου ως «σεβασμία βασιλική μονή». Την περίοδο αυτή πραγματοποιήθηκαν σημαντικές οικοδομικές εργασίες.
