Οι Ξενοφωντινοί πατέρες που είχαν καταφύγει στο μετόχι τους στη Σκόπελο, επέστρεψαν στη Μονή μετά την αποχώρηση των τούρκων στρατιωτών από το Άγιον Όρος το 1830. Από τις πρώτες τους μέριμνες υπήρξε η επανέναρξη των εργασιών για την ανέγερση του νέου Καθολικού. Η οικονομική κατάσταση της Μονής επιβαρύνθηκε ακόμη περισσότερο, όταν μετά την απελευθέρωση της Μακεδονίας και του Αγίου Όρους τα αγιορειτικά μετόχια και τα κτήματα απαλλοτριώθηκαν από το ελληνικό Κράτος για να διανεμηθούν στους πρόσφυγες μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή. Νέο πλήγμα θα επιφέρει ο Β΄ Παγκόσμιος Πόλεμος, κατά τη διάρκεια του οποίου η Μονή αντιμετώπισε τη γήρανση και τη λειψανδρία, στοιχεία που οδήγησαν σε σχετική παρακμή της.
