Στην υστεροβυζαντινή εποχή, η είσοδος της Μονής μεταφέρθηκε στη σημερινή της θέση. Στα τέλη του 15ου αιώνα πρέπει να σχηματίστηκε η κατώτερη στάθμη του πύργου του αγίου Στεφάνου.
Έχει συνολικά τρεις μόνο στάθμες, με ξύλινα πατώματα και ξύλινη στέγη, αλλά η ισόγεια στάθμη έχει μεγάλο ύψος, περίπου δύο ορόφων. Στην ισόγεια στάθμη του είχαν σχηματιστεί δύο πύλες οι οποίες έφεραν πορτόφυλλα ώστε για να μπει κανείς στο Μοναστήρι διέσχιζε διαδοχικά τρείς πύλες. Στην τρίτη στάθμη του πύργου βρίσκεται και το παρεκκλήσι του αγίου Στεφάνου.
