Το χρονολόγιο της Μονής Διονυσίου
1366
Ο αυτοκράτορας Ιωάννης Ε´ Παλαιολόγος επικυρώνει με χρυσόβουλλο δωρεές του Γεωργίου Αστρά και του Μιχαήλ Ιεράκη στην Λήμνο προς τη Μονή Ιωάννου του Προδρόμου της Νέας Πέτρας, το πρώτο όνομα του Μοναστηριού.
1374
Κτητορικό χρυσόβουλλο του αυτοκράτορα της Τραπεζούντας Αλεξίου Γ´Μεγάλου Κομνηνού.
1378
Πειρατική εισβολή και αιχμαλωσία όλων των μοναχών, όσο ο όσιος Διονύσιος επισκέπτεται την Τραπεζούντα για δεύτερη φορά.
1389
Ανακήρυξη της Μονής σε πατριαρχική με σιγίλλιο του οικουμενικού πατριάρχη Αντωνίου Δ´.
1390
Κοίμηση του οσίου Διονυσίου του κτήτορα στην Τραπεζούντα.
1416
Ο δεσπότης Ανδρόνικος Παλαιολόγος επισκέπτεται το Μοναστήρι και εντυπωσιάζεται τόσο, που χορηγεί σημαντικές εκτάσεις.
1508
Κοίμηση του αγίου Νήφωνα.
1520
Χρηματοδότηση της κατασκευής του υδραγωγείου και του πύργου από τον βοεβόδα Νεάγκοε Βασσαράβ.
1535
Κυριακή 25 Οκτωβρίου καταστροφική πυρκαγιά καταστρέφει το μεγαλύτερο μέρος του Μοναστηριού.
1547
Ολοκληρώνεται η ανοικοδόμιση και τοιχογράφιση του Καθολικού με δαπάνη του βοεβόδα της Μολδαβίας Πέτρου Ράρες.
1715
15 Σεπτεμβρίου, η πρώτη μεγάλη πλημμύρα του Λάκκου παρασύρει μεταξύ άλλων το υδραγωγείο, τον μύλο, το πηγάδι του δασκάλου, τους κήπους, το σπίτι με τις εννέα νεραντζιές και ένα σπίτι στον αρσανά.
1765
Πέμπτη 3 Νοεμβρίου “…ἔγινεν σεισμὸς φοβερὸς, ὥστε καὶ τὰ θεμέλια κατᾶ τόπους τοῦ μοναστηρίου ἐσχίσθησαν ἀπὸ ἄνωθεν ἔως κάτω…” γράφει ο προηγούμενος Χρύσανθος.
1820
2 ή 18 Σεπτεμβρίου, η τρίτη και μεγαλύτερη πλημμύρα του Λάκκου παρέσυρε το υδραγωγείο, τον μύλο μαζί με τον μυλωνά μοναχό, το πηγάδι κοντά στους Αγίους Αποστόλους, το ξενόσπιτο, ξερίζωσε όλα τα δέντρα, όλη την λιθόστρωτη στράτα, τους κήπους, έπνιξε τον κηπουρό και προκάλεσε μεγάλες ζημιές στον αρσανά.
1821
Το μοναστήρι προσφέρει το μεγάλο κανόνι του πύργου για την επανάσταση στη Χαλκιδική και ο ηγούμενος Στέφανος με μέρος της αδελφότητας φυγαδεύει τα σημαντικότερα κειμήλια αρχικά στην Αμμουλιανή και στη συνέχεια στον Πόρο. Μένουν εκεί, στην Μονή Ζωοδόχου Πηγής ως την καταστροφή των Ψαρρών, οπότε αναγκάζονται να φύγουν στη Ζάκυνθο, στο Διονυσιάτικο μετόχι της Αγίας Σοφίας. Μετά την άφιξη του Καποδίστρια πηγαίνουν στο μετόχι τους της Φανερωμένης στην Σκόπελο. Το 1830, όσοι επέζησαν, επιστρέφουν οριστικά στο Μοναστήρι.