Τον μεσαίωνα τα βιβλία ήταν πολύτιμα και δυσεύρετα αντικείμενα. Ένας ιδιώτης είχε πρόσβαση σε βιβλία μόνο αν ήταν πολύ εύπορος. Οι μοναχοί ενός μεγάλου Μοναστηριού ωστόσο, είχαν συχνά στη διάθεσή τους μια ολόκληρη βιβλιοθήκη με πατερικά κείμενα, βίους αγίων, αλλά και διάφορα έργα αρχαίων και συγχρόνων τους συγγραφέων. Η βιβλιοθήκη της Ιεράς Μονής Παντοκράτορος, που μετά από τη συντήρηση στεγάζεται πάλι στον δεύτερο όροφο του πύργου, περιλαμβάνει 450 χειρόγραφα και περισσότερα από 3500 έντυπα βιβλία. Υπέστη κατά καιρούς σοβαρές απώλειες και καταστροφές, όπως μετά την Επανάσταση του 1821, αλλά και αφαιμάξεις πολλών σημαντικών χειρογράφων, ορισμένα από τα οποία βρίσκονται σήμερα σε βιβλιοθήκες του εξωτερικού. Χαρακτηριστική είναι η περίπτωση του Αρσενίου Σουχάνωφ, ο οποίος σε μια αποστολή του στο Άγιον Όρος τον 17ο αιώνα για λογαριασμό του Τσάρου και του πατριάρχη Μόσχας, αφαίρεσε εκατοντάδες κώδικες από τις βιβλιοθήκες όλων σχεδόν των αγιορειτικών μοναστηριών, μεταξύ αυτών και 31 χειρόγραφα της Ιεράς Μονής Παντοκράτορος. Οι κώδικες αυτοί βρίσκονται στη συλλογή της Συνοδικής Βιβλιοθήκης της Μόσχας (σήμερα Ιστορικού Μουσείου) με τους αριθμούς 30, 84, 90, 97, 106, 122, 130, 132, 135, 171, 176, 189, 191, 197, 207, 241, 280, 306, 307, 326, 341, 344, 348, 350, 354, 364, 369, 371, 410, 421, 464 στον κατάλογο του Vladimir και την ένδειξη «Βιβλίον τοῦ Παντοκράτορος Χριστοῦ» ή απλά «Τοῦ Παντοκράτορος».
