Η Ιερά Μονή Αγίου Παύλου διαθέτει, όπως όλες οι αθωνικές Μονές, πλούσιο αρχείο, το οποίο το ταξινομείται με βάση τη γλώσσα των εγγράφων. Έτσι, αναφερόμαστε στο ελληνικό, το οθωμανικό και το ρουμανικό αρχείο. Έγγραφα, πάντως, διαφορετικής γλώσσας έχουν παρεισφρήσει μέσα σε κάθε ενότητα με το πέρασμα των αιώνων. Ως εκ τούτου, στο ρουμανικό και το οθωμανικό αρχείο απαντούν και λίγα ελληνικά έγγραφα. Το αρχείο γενικά παρουσιάζει χάσματα, παρ’ όλο που η Μονή δεν υπέστη καταστροφές από πυρκαγιές, πέραν αυτής του 1902, στην οποία κάηκαν οι περίπου 250 σλαβικοί κώδικες. Το ΕΛΛΗΝΙΚΟ ΑΡΧΕΙΟ χωρίζεται σε βυζαντινό, μεταβυζαντινό και νεότερο. Το βυζαντινό αρχείο αποτελείται από 58 φακέλους, οι οποίοι περιέχουν από ένα έγγραφο έκαστος. Εδώ εντάσσονται και τα 17 σερβικά έγγραφα του 15ου αιώνα που φυλάσσονται στο αρχείο της Μονής, 6 από τα οποία αποτελούν μεταφράσεις αντίστοιχων ελληνικών. Επίσης εντάσσονται ένα ρουμανικό και ένα οθωμανικό. Για την περίοδο από τις απαρχές της Μονής μέχρι τα τέλη του 15ου αιώνα σώζονται 34 έγγραφα – από τα οποία μόνο 4 για την πρώτη φάση της ιστορίας της Μονής – ενώ για τον 16ο και τον 17ο σώζονται από ένα έγγραφο. Το μεταβυζαντινό αρχείο χωρίζεται σε δώδεκα φακέλους με ποικίλο αριθμό εγγράφων εντός εκάστου. Ο 18ος αιώνας εκπροσωπείται από περίπου 50 έγγραφα, στη συντριπτική τους πλειοψηφία από το δεύτερο μισό. Μέσα σε αυτά υπάρχουν λίγα που αφορούν τα μετόχια στη Ρουμανία. Το νεότερο αρχείο, που περιλαμβάνει έγγραφα του 19ου και του 20ού αιώνα, είναι τοποθετημένο σε 196 μεγάλους φακέλους και άλλους 41 μικρούς. Η πλήρης ταξινόμησή του δεν έχει ολοκληρωθεί. Το ΟΘΩΜΑΝΙΚΟ ΑΡΧΕΙΟ βρίσκεται σε 20 αριθμημένους φακέλους, ενώ άλλοι πέντε περιέχουν ανάμεικτα οθωμανικά και ελληνικά έγγραφα. Συνολικά υπάρχουν περίπου 1.000 οθωμανικά έγγραφα, τα μισά από τα οποία προέρχονται από το δεύτερο μισό του 19ου αιώνα μέχρι το 1912. Στη Μονή φυλάσσεται το παλαιότερο πρωτότυπο οθωμανικό έγγραφο εντός της Αθωνικής χερσονήσου και ένα από τα παλαιότερα στον κόσμο, χρονολογημένο το 1386. Γύρω στα 17 είναι τα έγγραφα του 15ου αιώνα, ενώ περίπου 180 χρονολογούνται από τον 16ο. Περίπου 200 έγγραφα προέρχονται από τον 17ο, 18ο και τις αρχές του 19ου αιώνα, με τα περισσότερα από αυτά να ανήκουν στην τελευταία χρονικά φάση. Το ΡΟΥΜΑΝΙΚΟ ΑΡΧΕΙΟ αποτελείται από 994 έγγραφα, ταξινομημένα σε 7 φακέλους. Χρονικά, τα έγγραφα εκτείνονται από τον 15ο μέχρι τον 20ό αιώνα, με πύκνωση στον 19ο αιώνα από όπου προέρχονται 525 έγγραφα, ενώ 100 προέρχονται από τον 17ο αιώνα και 357 από τον 18ο. Μέσα σε αυτά υπάρχουν και λίγα έγγραφα στην ελληνική γλώσσα. Ο χωρισμός των εγγράφων του αρχείου σε φακέλους είχε γίνει αρχικά από τους μοναχούς και εξυπηρετούσε τα τρέχοντα θέματα της Μονής, τα οποία για το σημερινό μελετητή δεν είναι γνωστά, όπως και η λογική οργάνωσης του αρχείου σε φακέλους. Με βάση τις αριθμοδοτήσεις που υπάρχουν πάνω στα έγγραφα μπορεί να υποστηριχθεί γενικά ότι μια πρώτη ταξινόμηση θα συνέβη στις αρχές του 19ου αιώνα, πιθανώς στο πλαίσιο της γενικότερης ανακαίνισης της Μονής από τον Άνθιμο Κομνηνό. Μια δεύτερη ταξινόμηση έγινε τις δεκαετίες 1920 και 1930, όταν, λόγω της απαλλοτρίωσης, η Μονή είχε χάσει όλα τα μετόχια της και έπρεπε να έχει μια συνολική εικόνα των εγγράφων της. Τέλος, τη δεκαετία του 1960 ο τότε βιβλιοθηκάριος γέρων Θεοδόσιος έβαλε για πρώτη φορά σε φακέλους τα έγγραφα και προσπάθησε να κάνει μια ταξινόμηση, σύμφωνα με τις σύγχρονες μεθόδους. Αυτή η διαδικασία ολοκληρώθηκε τη δεκαετία του 1970 από το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών για τα βυζαντινά και μεταβυζαντινά έγγραφα, από το Πανεπιστήμιο Κρήτης για τα οθωμανικά, ενώ γύρω στο έτος 2000 ένας Ρουμάνος ερευνητής του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών ταξινόμησε και εξέδωσε τα ρουμανικά έγγραφα. Τα είδη των εγγράφων καλύπτουν μια μεγάλη κλίμακα. Το ίδιο ευρεία είναι και η ταυτότητα των εκδοτών τους: η ίδια η Μονή, μεμονωμένοι μοναχοί, Αθωνικά θεσμικά όργανα (π.χ. η Ιερά Κοινότητα), άλλες Μονές, κρατικές ή τοπικές αρχές (βυζαντινές, οθωμανικές, ρουμανικές), απλοί άνθρωποι αποτελούν εκδότες ή παραλήπτες εγγράφων που φυλάσσονται στο αρχείο. Τα θέματα που συνήθως ενδιαφέρουν αφορούν κτηματικά ζητήματα, φορολογικά, υποθέσεις δανεισμών, ενώ λιγότερα είναι αυτά που σχετίζονται με πολιτικά ή πνευματικά θέματα. Μέσα από τα έγγραφα αναδύεται ο κόσμος των μοναχών, η καθημερινότητά τους, τα προβλήματα που τους απασχολούσαν για την υλική επιβίωσή τους και ο τρόπος επίλυσής τους. Παρ’ όλα τα χάσματα, η μεγάλη χρονική διάρκεια του αρχείου από τον 11ο μέχρι τον όψιμο 20ό αιώνα δίνει την αίσθηση της συνέχειας αλλά και των αλλαγών που υπέστη η Μονή, ξαναζωντανεύοντας τις εναλλαγές των εποχών και των κυριάρχων στην περιοχή της Μακεδονίας.
