Παρ’ όλες τις δωρεές και χορηγίες που έλαβε η Μονή, ο παραγωγικός της χώρος εκτός της Αθωνικής χερσονήσου γνώρισε συρρίκνωση στη συνολική έκταση των γαιών, όχι όμως στον αριθμό των μετοχιών, ο οποίος παρέμεινε λίγο-πολύ σταθερός. Οι καταπατήσεις των γαιών από χριστιανούς και μουσουλμάνους χωρικούς και οι φορολογικές υπερβάσεις από τοπικούς οθωμανούς αξιωματούχους αποτελούσαν σχεδόν καθημερινή πραγματικότητα για τους μοναχούς. Τα μετόχια της Μονής συχνά υποθηκεύονταν σε μουσουλμάνους, ακόμη και για μεγάλα χρονικά διαστήματα, για να μπορέσουν οι μοναχοί να πληρώσουν τις φορολογικές υποχρεώσεις τους. Κατά τον 18ο αιώνα συμβαίνει μια σημαντική αλλαγή για την ιστορία της Μονής. Ο πληθυσμός των μοναχών από κυρίως σλαβικής καταγωγής (σερβικής ή βουλγαρικής) καθίσταται σταδιακά ελληνικής. Έτσι, ύστερα από τριακόσια πενήντα χρόνια κυριαρχίας σλαβόφωνων μοναχών, η Ιερά Μονή Αγίου Παύλου αποκτά κυριαρχία ελληνόφωνου μοναχικού πληθυσμού. Δεν γνωρίζουμε την αιτία για αυτή την αλλαγή. Πιθανολογείται ότι ο αυστρο-οθωμανικός πόλεμος του 1684-1699 απέκοψε τον υπό οθωμανική κυριαρχία χώρο του Αγίου Όρους από τις περιοχές της μείζονος Μακεδονίας και της Σερβίας, από όπου προέρχονταν εν πολλοίς μέχρι τότε οι Αγιοπαυλίτες. Επιπλέον, η κυριαρχία των ελληνόφωνων Φαναριωτών στις παραδουνάβιες ηγεμονίες βοήθησε στον πολλαπλασιασμό των ελληνόφωνων μοναχών. Τέλος, η γενικότερη πνευματική και οικονομική ανάπτυξη του Ελληνισμού κατά τον 18ο αιώνα έδωσε ώθηση στην επικράτηση της ελληνοφωνίας και εντός της Αθωνικής χερσονήσου με την είσοδο Ελλήνων μοναχών. Η αλλαγή αυτή δεν βοήθησε άμεσα τη Μονή. Κατά τον 18ο αιώνα συνεχίστηκε η δύσκολη οικονομική κατάσταση και η διατήρηση των εκτός της Αθωνικής χερσονήσου κτήσεων αποτελούσε τιτάνιο έργο. Στα τέλη του αιώνα, όμως, εμφανίστηκε ένα πρόσωπο, το οποίο θα αλλάξει την εικόνα της Μονής και θα θέσει τις βάσεις για την περαιτέρω ανάπτυξή της. Πρόκειται για τον Άνθιμο Κομνηνό. Σύμφωνα με την παράδοση της Μονής, ο Άνθιμος, γόνος πλούσιας οικογένειας, γεννήθηκε στη Σηλυβρία της Ανατολικής Θράκης το 1762. Ήδη το 1788 αναφέρεται στις πηγές ως διάκονος της Μονής, ενώ το 1791 θα οριστεί επιστάτης του πλούσιου μετοχιού Ζιτιάνου στη Βλαχία. Αυτό το γεγονός θα του δώσει τη δυνατότητα να δημιουργήσει μια τεράστια περιουσία, την οποία επένδυσε στη Μονή της μετάνοιάς του. Το 1798 και το 1806 χρηματοδότησε την εκτύπωση δύο χαλκογραφιών της Μονής, οι οποίες αποτελούσαν απαραίτητο εξάρτημα των μοναχών που μετέβαιναν σε απομακρυσμένες περιοχές για συλλογή ελεημοσυνών (ζητείες). Το 1814 εγκατέλειψε τη Βλαχία και εγκαταστάθηκε στη Μονή, έχοντας εκπονήσει ήδη από το 1804, ένα φιλόδοξο οικοδομικό ανακαινιστικό πρόγραμμα. Στόχος του ήταν η επέκταση του μοναστικού συγκροτήματος προς νότο, για την οποία ήταν απαραίτητοι ευρείας κλίμακας εκβραχιονισμοί, προκειμένου να διαπλατυνθεί το εσωτερικό του μοναστηριού και να δημιουργηθεί ευρύχωρη αυλή. Στα σχέδιά του ήταν και η ανέγερση νέου καθολικού. Είναι γνωστό ότι μέχρι το 1821 ο Άνθιμος είχε καταφέρει να ανεγείρει νέο καμπαναριό και αρκετές κρήνες, να θεμελιώσει το νέο καθολικό και να χρηματοδοτήσει εργασίες στο νοσοκομείο και στην Τράπεζα της Μονής. Το ξέσπασμα της ελληνικής επανάστασης διέκοψε απότομα το ανακαινιστικό έργο του, γιατί ο ίδιος, ως πιθανολογούμενο μέλος της Φιλικής Εταιρείας, διέφυγε πρώτα στην Ιταλία και από εκεί στη Βλαχία. Πέθανε στο Βουκουρέστι το 1828. Με τη διαθήκη του, που σώζεται στο αγιοπαυλίτικο αρχείο, ο Άνθιμος άφηνε στη Μονή περίπου 430.000 γρόσια, ποσό υπέρογκο για την εποχή, απόδειξη της επιχειρηματικής ικανότητάς του και της προσφοράς του στη Μονή.
