Στις 6 Μαΐου του 1992 πραγματοποιήθηκε στη Μονή κοινή συνεδρίαση με την συμμετοχή τριμελούς Πατριαρχικής Εξαρχίας, Ιεροκοινοτικής Επιτροπής και της Γεροντικής Ιεράς Συνάξεως της Μονής. Εκεί, αποφασίσθηκε από κοινού η επαναφορά της Μονής Παντοκράτορος –της τελευταίας αγιορείτικης Μονής που λειτουργούσε υπό το καθεστώς της ιδιορρυθμίας– στο κοινοβιακό σύστημα. Επιπλέον, αποφασίσθηκε ομοφώνως από την Γεροντική Ιερά Σύναξη η επάνδρωση της Μονής από Συνοδεία 13 μελών, προερχόμενη από την Ιερά Μονή Ξενοφώντος. Πρώτος καθηγούμενος της κοινοβιακής Μονής του Παντοκράτορος εξελέγη ο μακαριστός ιερομόναχος Βησσαρίων (Μακρυγιάννης) ο Ξενοφωντινός, ο οποίος ενθρονίσθηκε από την Ιερά Κοινότητα στις 8 Ιουνίου 1992, Κυριακή των Αγίων Πάντων, και έλαβε κατά το έθος την ηγουμενική ράβδο από τον πρώτο τη τάξει αντιπρόσωπο της πενταμελούς Ιεροκοινοτικής Επιτροπής, Γέροντα Βαρθολομαίο μοναχό Λαυρεώτη, ως διάδοχο του οσίου Αθανασίου του Αθωνίτου, κτήτορα της πρώτης κοινοβιακής Μονής στο Άγιον Όρος. Επί των ημερών της ηγουμενίας του μακαριστού Γέροντος Βησσαρίωνος (6/19 Μαΐου 1992-2/15 Ιουλίου 2001), η Μονή αναδιοργανώθηκε και ανέθαλε πνευματικά, ενώ ξεκίνησαν και οι εργασίες για την ανακαίνιση αρκετών κτισμάτων της. Για το λόγο αυτό ανακηρύχθηκε και νέος κτήτορας της Μονής. Όμως, το καρποφόρο έργο του διέκοψε αιφνιδίως βαρύτατη ασθένεια που τον καθήλωσε στο κρεβάτι του πόνου και τον οδήγησε στην απόφαση να παραιτηθεί από την ηγουμενία της Μονής στις 2 Ιουλίου 2001. Λίγους μήνες αργότερα ο Κύριος τον καλούσε στην χώρα των ζώντων. Ο μακαριστός Γέρων Βησσαρίων εκοιμήθη εν Κυρίω στις 20 Σεπτεμβρίου (π.η.) του ιδίου έτους, «καταλιπών φήμη εναρέτου ανδρός». Η εξόδιος ακολουθία τελέσθηκε την επομένη ημέρα παρουσία πλήθους κληρικών, μοναχών και λαϊκών, μέσα σε κλίμα πένθους για τον άωρο θάνατό του, αλλά και με τη χαρά και την ελπίδα της Αναστάσεως. Στη θέση του παραιτηθέντος από την ηγουμενία μακαριστού Γέροντος Βησσαρίωνος, εξελέγη από την αδελφότητα της Μονής νέος ηγούμενος ο ιερομόναχος Γαβριήλ, επί των ημερών του οποίου η αδελφότητα της Μονής Παντοκράτορος γνωρίζει νέα άνθηση, με την αύξηση των μελών της και την ολοκλήρωση των ανακαινιστικών εργασιών στις παλαιές πτέρυγες του κτηριακού συγκροτήματος της Μονής. Η αδελφότητα σήμερα αριθμεί περί τους 30 πατέρες.
