Ο 18ος αιώνας, όμως, είναι η περίοδος ανάπτυξης και του σκητιώτικου μοναχισμού εντός της Αθωνικής χερσονήσου. Δεν είναι γνωστό πότε ακριβώς ιδρύθηκαν οι μέχρι σήμερα λειτουργούσες Σκήτες της Μονής, η Νέα Σκήτη και η Σκήτη του Αγίου Δημητρίου (Λακοσκήτη). Η πρώτη, όπως προκύπτει από πατριαρχικό έγγραφο, είχε ιδρυθεί το 1713. Ενδεικτική εικόνα των κτιρίων και του πληθυσμού τους έχουμε από μια οθωμανική απογραφή που διενεργήθηκε στο Άγιον Όρος το 1764. Σύμφωνα με αυτήν, η Νέα Σκήτη διέθετε ήδη Κυριακό και είκοσι τρεις κατοικημένες Καλύβες, ενώ η Σκήτη του Αγίου Δημητρίου (Λακοσκήτη) διέθετε επίσης Κυριακό και δεκαοκτώ κατοικημένες Καλύβες. Κατά συνέπεια, αμφότερες οι Σκήτες θα πρέπει να είχαν ιδρυθεί στο πρώτο μισό του 18ου αιώνα, ώστε τα 1764 να είχαν ικανό αριθμό μοναχών. Καθ’ όλη τη διάρκεια από τον 16ο μέχρι τον 18ο αιώνα, όταν διαθέτουμε αξιόπιστα στοιχεία, η Μονή στέγαζε γύρω στους τριάντα με τριάντα πέντε μοναχούς. Ειδικά προς το τέλος της περιόδου που τα στοιχεία γίνονται πιο λεπτομερή, προκύπτει ότι σε αυτό τον αριθμό των μοναχών πρέπει να προστεθούν άλλοι τόσοι που ζούσαν στις δύο Σκήτες και άλλοι τόσοι που ζούσαν στα μετόχια. Έτσι, μόνο το ένα τρίτο των Αγιοπαυλιτών διέμενε εντός της Μονής, ενώ η συνολική δύναμή της ανερχόταν σε περίπου 100 μοναχούς.
