Ένα από τα σημαντικότερα κειμήλια είναι ο βυζαντινός Επιτάφιος που δώρισαν οι κτήτορες στη Μονή, δείγμα εξαίρετης τέχνης και χρυσοκεντητικής, ο οποίος έχει διασωθεί σε πολύ καλή κατάσταση. Ο νεκρός Χριστός εικονίζεται μέσα σε κάμπο με ποικιλόσχημους σταυρούς, ενώ στις τέσσερις γωνίες ισάριθμοι άγγελοι κρατούν ριπίδια. Από τον 16ο αιώνα προέρχονται το χρυσοκέντητο ωμοφόριο του πατριάρχη Ιερεμία του Τρανού, που είχε ευεργετήσει ποικιλοτρόπως τη Μονή, το οποίο φέρει χρυσοκέντητη αφιερωματική επιγραφή και είναι κοσμημένο με παραστάσεις του Δωδεκαόρτου και Ιεραρχών, καθώς και άλλα χρυσοκέντητα αρχιερατικά άμφια. Στον 17ο αιώνα ανήκει ένα επιτραχήλιο με πολυπρόσωπες παραστάσεις από τη ζωή του Χριστού, ενώ στο 18ο και 19ο αιώνα χρονολογούνται πολλά άμφια και κεντητά, εκ των οποίων διακρίνεται για την τέχνη του ένας βελούδινος χρυσοκέντητος αρχιερατικός σάκκος, ένα επιγονάτιο του 1726, όπου απεικονίζονται ο Χριστός ως ο Μέγας αρχιερεύς και οι ευαγγελιστές, καθώς και δύο κεντητές εικόνες του αγίου Χαραλάμπους και του ευαγγελιστού Μάρκου, τα οποία ανήκαν στον σκευοφύλακα Κύριλλο. Εξέχουσα θέση κατέχει επίσης το μικρό τμήμα της χάλκινης ασπίδας του αγίου Μερκουρίου, το οποίο διακοσμήθηκε με σμάλτο και παραστάσεις με την προσκύνηση των Μάγων και προφήτες σε εργαστήριο της Ολλανδίας ή της Γερμανίας τον 13ο η 14ο αιώνα. Τα υπόλοιπα αντικείμενα μεταλλοτεχνίας και αργυροχοΐας (ιερά σκεύη, σταυροί, πόρπες κ.ά.) χρονολογούνται στον 17ο αιώνα, τα περισσότερα δε στον 18ο και 19ο. Το παλαιότερο χρονολογημένο σκεύος είναι ένα αργυροεπίχρυσο, επισμαλτωμένο ιερό αρτοφόριο του έτους 1621, έργο του αργυροχόου Φωτίου και κτήμα του ιερέως Κωνσταντίου. Το έτος 1777 χρονολογούνται ένα αργυρό ευαγγέλιο με παραστάσεις του Δωδεκαόρτου, δύο εξαπτέρυγα, διακοσμημένα αμφίπλευρα με πολυπρόσωπες παραστάσεις –δείγμα εξαίρετης μικρογλυπτικής– σε μετάλλιο από κέρατο ρινόκερου και ένας σταυρός, αφιερώματα του δραστήριου σκευοφύλακα της Μονής Κυρίλλου κατά την περίοδο εκείνη. Το 1788 χρονολογείται ένας μεγάλος σταυρός με συρματερή διακόσμηση που περικλείει τεμάχιο του Τιμίου Ξύλου, αφιέρωμα του προηγουμένου Βενιαμίν του Λεσβίου και έργο του αργυροχόου Παναγή. Στον ίδιο αιώνα ανήκουν και μερικοί συρματόπλεκτοι σταυροί αγιασμού, ένα συρματερό θυμιατό, καθώς και η αρχιερατική ράβδος και μια πόρπη του μητροπολίτη Κρήτης Ζαχαρία Μαριδάκη, ο οποίος απεικονίζεται σε φορητή εικόνα που αφιέρωσε επίσης στη Μονή το 1780. Η Μονή διαθέτει επίσης μεγάλο αριθμό σκευών που προέρχονται από ρωσικά εργαστήρια αργυροχοΐας του 19ου αιώνος, προερχόμενα πιθανότατα από τις ζητείες των παντοκρατορινών μοναχών στη Ρωσία. Διακρίνονται ιδιαιτέρως ένα άγιο Ποτήριο του 1818 από τη Μόσχα, διακοσμημένο με παραστάσεις από σαβάτι (νιέλο), ένα ευαγγέλιο του 1810-1819, που φέρει στη μια όψη ανάγλυφη την παράσταση της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, και δύο εγκόλπια με υψηλής ποιότητας σμάλτο. Εξαιρετικά σπάνια είναι και μια κεραμική φιάλη αγιασμού του 16ου αιώνος, με εφυάλωση, προερχόμενη από εργαστήριο της Νίκαιας, η οποία είναι διακοσμημένη με θαυμάσια φυτικά και ζωικά θέματα. Ενδιαφέρον παρουσιάζει, τέλος, και μια σιδερένια κασέλα με ζωγραφική διακόσμηση εξωτερικά και χαρακτά σχέδια στο εσωτερικό της, η οποία κατασκευάστηκε με τη φροντίδα του προηγουμένου Λεοντίου το 1737, για να φυλάσσονται εντός αυτής τα ιερά λείψανα της Μονής. Κατασκευάστηκε από Έλληνες τεχνίτες στην Αδριανούπολη και αποτελεί εξαίρετο δείγμα του είδους της.
