Στη Μονή, λόγω της σημαντικής αύξησης των μοναχών της, παραχωρήθηκαν κτήματα στη Θεσσαλονίκη, στον Στρυμόνα, στη Λήμνο και σε άλλες περιοχές. Με χρυσόβουλλο του αυτοκράτορα Ανδρονίκου Β΄ Παλαιολόγου του 1294, επικυρώθηκαν στη Μονή το χωριό Καλλίστη, το Μετόχι του Αγίου Νικολάου στο Στρυμόνα, επονομαζόμενο «Κρύον Νερόν», ο αγρός του Αγίου Υπατίου στο Άγιον Όρος, το Μετόχιο του Αγίου Παντελεήμονος στη Θάσο, το Μετόχιο του Αγίου Γεωργίου του Καλλινίκου στη Λήμνο και το Μονύδριο του Σωτήρος Χριστού του Αγιομαυρίτου στη Θεσσαλονίκη. Το 1330 προσκήθηκαν κτήματα στην τοποθεσία Αγίου Θωμά του Λιμοϊωάννου, στα ανατολικά της Θεσσαλονίκης.
Το 1357, ο επίσκοπος Καισαρουπόλεως αφαίρεσε από τη Μονή τους ναούς του Αγίου Νικολάλοου, του Αγίου Γεωργίου και της Αγίας Φωτεινής στον Στρυμώνα. Στην Ιερισό της Χαλκιδικής απέκτησε η Μονή το μετόχι του Αγίου Νικολάου. Επίσης, στην περιοχή της Κρούσιοβας (Νέα Κερδύλια) απέκτησε, πιθανότατα τον 17ο αιώνα, τη Μονή του Αγίου Δημητρίου που ιδρύθηκε το β΄ μισό του 16ου αιώνα, ωστόσο είναι γνωστή από το 1632. Το 1638, σε επιστολή του ιερομονάχου Σαμουήλ, προηγούμενου της Μονής, αναφέρεται το Μετόχιο του Αγίου Παντελεήμονος στις Μαριές Θάσου, του οποίου τα κτήματα είχαν καταπατήσει οι κάτοικοι. Το 1648 σε πατριαρχικό σιγγίλιο του Ιωαννικίου Β΄, ο ναός του Αγίου Νικολάου στην πόλη Ισμαήλιο της επαρχίας Προϊλάβου κτίσθηκε με δαπάνες της Μονής, έγινε σταυροπήγιο και Μετόχι της και με νέο σιγγίλιο του πατριάρχη Σωφρονίου Β΄ ανανεώθηκε η αναγνώρισή του.
Η Μονή απέκτησε τη Μονή της Μεταμορφώσεως του Φωτεινού στο νησί του Αγίου Ευστρατίου. Το 1661, ο ιερομόναχος Νικήτας ανοικοδόμησε το ερειπωμένο Μοναστήρι και το 1667 ανακηρύχθηκε Πατριαρχικό Σταυροπήγιο. Το 1732 το Μοναστήρι ανήκε στην Μονή. Σε εγχάρακτη επιγραφή του 1741 που βρίσκεται πάνω από την είσοδο του ναού, φαίνεται πως ανήκε «από χρόνων παλαιών» στην Ιερά Μονή Καρακάλλου. Επίσης, αναφέρεται ως εξάρτημα της Μονής στον Κατόλογο του 1758 και το 1794 έγιναν εργασίες από τον προηγούμενο Γαβριήλ. Το Μοναστήρι μνημονεύεται μέχρι τον 20ο αιώνα.
Στον ίδιο Κατάλογο του 1758 έχουμε πληροφορίες για μετόχια στην Πελοπόννησο, στη Ρόδο, τη Νάουσα της Πάρου, το Γαλατά της Κωνσταντινούπολης, την Κίο της Βιθυνίας και την Καλλίπολη, όπου υπήρχε το Μετόχι της Κοιμήσεως της Θεοτόκου στο Πλαγιάρι που λειτουργούσε μέχρι το 1829.
Το 1648, μοναχοί της Μονής ανακαίνισαν τον ερηπωμένο ναό του Αγίου Νικολάου στο Ισμαϊλιο, λιμάνι της Βεσσαραβίας, που έγινε Σταυροπήγιο από τον πατριάρχη Ιωαννίκιο Β΄. Επίσης στη Μονή υπήχθη το Μετόχι του Αγίου Δημητρίου Νέων Κερδυλλίων Σερρών, καθώς και το Μετόχι της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος Μαργαριτών Ρεθύμνου (επαρχία Μυλοποτάμου) Κρήτης, το οποίο πιθανώτατα το 1654 κατέστη Πατριαρχική εξαρχία.
