Δυστυχώς, η καταστροφική πυρκαγιά που ξέσπασε στις 24 Φεβρουαρίου του 1817 στη νεόδμητη τότε νοτιοδυτική πτέρυγα, αποτέφρωσε πολύτιμα έγγραφα του αρχείου της Μονής και κειμήλιά της, καθώς και σπουδαία χειρόγραφα της Βιβλιοθήκης, γεγονός που επέφερε σημαντικά κενά στις γνώσεις μας για το ιστορικό παρελθόν της Μονής. Κατά τους επόμενους αιώνες είτε προστέθηκαν νέοι κώδικες στη Βιβλιοθήκη, όπως το πολύτιμο, διακοσμημένο σλαβονικό περγαμηνό τετραευάγγελο, το οποίο δώρισε στη Μονή ο ηγεμόνας της Μολδαβίας Αλέξανδρος Lapusneanu, είτε αφαιρέθηκαν, όταν το 1596 η Μονή αναγκάστηκε κάτω από δύσκολες περιστάσεις να πωλήσει στην Ιερά Μονή Ξηροποτάμου άγνωστο αριθμό χειρογράφων.Στη Βιβλιοθήκη απαντώνται σήμερα σημαντικά μεταβυζαντινά χειρόγραφα.
