Η δήμευση των αγιορειτικών κτημάτων από τον σουλτάνο Σελίμ Β´ το 1568 ανάγκασε τα Μοναστήρια να δανειστούν υπέρογκα ποσά με επαχθείς όρους, ώστε να εξαγοράσουν εκ νέου τα μετόχια τους. Το γεγονός αυτό, σε συνδυασμό με εξαντλητικούς φόρους, προκάλεσε και στην Ιερά Μονή Παντοκράτορος σοβαρά οικονομικά προβλήματα, τα οποία προσπάθησε να αντιμετωπίσει καταφεύγοντας σε ζητείες. Επιπλέον, η καταπάτηση του μεγάλου μετοχίου της στη Λήμνο το 1581, την ανάγκασε να πληρώσει 130.300 άσπρα (αργυρά νομίσματα) για την ανάκτησή του. Οι δωρεές χρημάτων αλλά και κτημάτων βοήθησαν στην ανάκαμψη κατά τον 17ο αιώνα. Το 1629, ο ηγεμόνας της Βλαχίας Ιωάννης Αλέξανδρος προσέφερε ως μετόχι το μοναστήρι Κατσόρι. Έτσι εναλλάσσονταν το επόμενο διάστημα, ανάλογα με τις συγκυρίες, περίοδοι οικονομικού μαρασμού και ανάκαμψης.
