Αρκετά μεγάλος αριθμός φορητών εικόνων της βυζαντινής και μεταβυζαντινής περιόδου έχει διασωθεί και φυλάσσεται σήμερα στο Σκευοφυλάκιο και το Εικονοφυλάκιο της Μονής, σχηματίζοντας, όπως έχει επισημανθεί, μια από τις πιο αξιόλογες συλλογές φορητών εικόνων στο Άγιον Όρος. Ορισμένες μάλιστα από αυτές θεωρείται ότι προέρχονται από την δωρεά των κτητόρων, όπως η εικόνα του Χριστού Παντοκράτορος (σήμερα στο Μουσείο Ερμιτάζ της Αγίας Πετρουπόλεως), στο πλαίσιο της οποίας απεικονίζονται εκατέρωθεν οι μορφές των κτητόρων Αλεξίου και Ιωάννου, αλλά και δύο μεγάλες αμφίγραπτες εικόνες που χρονολογούνται στο δεύτερο μισό του 14ου αιώνος.
Στον 14ο αιώνα ανήκουν συνολικά δέκα εικόνες, με σημαντικότερες μια εικόνα του Χριστού Παντοκράτορος, που εμφανίζει τεχνοτροπική συγγένεια με την προαναφερθείσα εικόνα όπου απεικονίζονται οι κτήτορες, μια δεύτερη του οσίου Αθανασίου του Αθωνίτη, η αρχαιότερη φορητή εικόνα του ιδρυτού του κοινοβιακού μοναχισμού στο Άγιον Όρος, και μια αμφιπρόσωπη, στην μια όψη της οποίας εικονίζεται ο Τίμιος Πρόδρομος σε προτομή, ενώ στην άλλη υπάρχει μια μοναδική ως προς τη θεματολογία της παράσταση με τη Θεοτόκο βρεφοκρατούσα και τον Τίμιο Πρόδρομο στραμμένο προς αυτήν. Στην ίδια περίοδο ανήκει και ένας γραπτός σταυρός, με απεικόνιση του Χριστού στο κέντρο, των μορφών της Παναγίας και του Ιωάννη στην οριζόντια κεραία και την Ετοιμασία του Θρόνου στο άνω άκρο της κάθετης κεραίας.
Ανάλογος αριθμός εικόνων ανήκει στον 15ο αιώνα και προέρχεται από ελληνικά αλλά και σλαβικά εργαστήρια. Ιδιαίτερη καλλιτεχνική αξία έχουν μια εικόνα της Υπαπαντής, ένα Λυπηρό και μια εικόνα της Μεγάλης Δεήσεως.
Μία άλλη ομάδα εξαιρετικά σημαντικών φορητών εικόνων ανήκει στην Κρητική Σχολή του 16ου αιώνος, όπου κυριαρχεί το πνεύμα των αυστηρών και ταυτοχρόνως γαλήνιων ασκητικών μορφών. Μεταξύ αυτών κυρίαρχη θέση κατέχουν δύο εικόνες του Παντοκράτορος Χριστού και της Παναγίας της Πάντων Χαράς (στο Καθολικό της Μονής), καθώς και μια εικόνα της Μεταμορφώσεως, που έχουν αποδοθεί στον Θεοφάνη «Στρελίτζα τουπίκλην Μπαθά» και θεωρούνται έργα της καλλιτεχνικής του ωριμότητας (π. 1535). Στον ίδιο καλλιτέχνη αποδίδεται και η δεύτερη εικόνα της Μεταμορφώσεως, καθώς και η εικόνα της Βαπτίσεως, που συνδέονται με την καλλιτεχνική του δραστηριότητα στη γειτονική Μονή Σταυρονικήτα μαζί με τον γιο του Συμεών (1545/6).
Με το έργο του Θεοφάνους σχετίζεται και μια άλλη ομάδα εικόνων της ίδιας περιόδου, όπως η εικόνα του Επιταφίου Θρήνου, που εμφανίζει κοινά τεχνοτροπικά χαρακτηριστικά με την αντίστοιχη παράσταση του καθολικού της Μονής Σταυρονικήτα, και η εικόνα της Σταυρώσεως. Ιδιαίτερα σημαντικές είναι επίσης και δύο αμφιπρόσωπες εικόνες, με πολυπρόσωπες μικρογραφικές παραστάσεις, έργα του Χανιώτη μικρογράφου Αμβροσίου Εμπόρου περί το 1600, καθώς και μια εικόνα του αγίου Γεωργίου με παραστάσεις από το μαρτύριό του, προερχόμενη επίσης από κρητικό εργαστήριο. Πρόκειται για εικόνες των οποίων οι ανώνυμοι δημιουργοί μιμούνται σαφώς την τεχνοτροπία του Θεοφάνους του Κρητός, αλλά και διαφοροποιούνται ουσιωδώς απ᾿ αυτήν.
Εξαιρετικής ποιότητας και αξίας είναι και το ξυλόγλυπτο επιστύλιο του 16ου αιώνος, με τριάντα μία σκηνές από το Δωδεκάορτο, τον κύκλο των Παθών, των θαυμάτων του Χριστού και τον βίο της Παναγίας, που κινούνται καλλιτεχνικά μεταξύ της Κρητικής Σχολής και της λεγόμενης Σχολής των Θηβών.
Αρκετές αξιόλογες φορητές εικόνες χρονολογούνται και στον 17ο και 18ο αιώνα, προερχόμενες κυρίως από τον χρωστήρα αγιορειτών αγιογράφων που ακολουθούν καλλιτεχνικά τη Σχολή του Διονυσίου του εκ Φουρνά.
Σήμερα ο μεγαλύτερος αριθμός των φορητών εικόνων, περίπου 700 στον αριθμό, φυλάσσεται στο Εικονοφυλάκιο της Μονής, το οποίο στεγάζεται στον πέμπτο όροφο του Πύργου.
