Το Καθολικό της Ιεράς Μονής Αγίου Παύλου διαθέτει δύο παρεκκλήσια: το βόρειο, αφιερωμένο στον Άγιο Γεώργιο τον Τροπαιοφόρο και το νότιο, στον κτήτορα της μονής όσιο Παύλο και στον άγιο Γεράσιμο Κεφαλληνίας. Στον ευρύτερο χώρο εντός της μονής υπάρχουν άλλα επτά παρεκκλήσια: του Αγίου Γεωργίου, του Αγίου Ανθίμου Νικομηδείας, του Αγίου Γερασίμου, του Αγίου Νικολάου, του Αγίου Νεκταρίου Πενταπόλεως, του Αγίου Γρηγορίου του Θεολόγου, και των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης.
Πέραν των ανωτέρω, η μονή διαθέτει και παρεκκλήσια έξω από τον περίβολό της: των Αγίων Πάντων στο κοιμητήριο, του Αγίου Δημητρίου στο παλαιό κοιμητήριο, του Αγίου Τρύφωνος στους κήπους, του Αγίου Σπυρίδωνος στον ελαιώνα, του Αγίου Δημητρίου στον ταρσανά, του Αγίου Ανδρέα του Πρωτοκλήτου στο κονάκι των Καρυών, της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος στο δασονομείο του βουνού και του Αγίου Νικολάου στο κτήμα του Μονοξυλίτη.
Νοτιοδυτικά της μονής, στο κοιμητήριο, βρίσκεται το παρεκκλήσιο των Αγίων Πάντων, κτισμένο το 1795, στον τύπο του συνεπτυγμένου σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού με τρούλο χωρίς τύμπανο και νάρθηκα. Αντίστοιχα, στη νοτιοανατολική πλευρά της σώζεται ο παλαιός κοιμητηριακός ναός του Αγίου Δημητρίου, ο οποίος έπαψε να λειτουργεί όταν κτίστηκε το νεότερο παρεκκλήσι.
