Λίγα χρόνια αργότερα η αδελφότητα της Μονής ανέδειξε από τις τάξεις της έναν νεομάρτυρα. Τον οσιομάρτυρα Γεδεών, ο οποίος σε νεαρή ηλικία αναγκάστηκε να αλλαξοπιστήσει. Μετανοημένος, εκάρη μοναχός στη Μονή, από όπου αναχώρησε για να υποστεί οικειοθελώς το μαρτύριο στις 30 Δεκεμβρίου του 1818 στον Τύρναβο Θεσσαλίας. Οι κάτοικοι του Τυρνάβου απέστειλαν μέρη του τιμίου λειψάνου του στη Μονή. Στην αδελφότητα της Μονής ανήκε και ο όσιος Γερβάσιος ο διά Χριστόν Σαλός, ο οποίος χρόνια ζούσε ως ρακένδυτος ασκητής γύρω από τη Μονή και τελειώθηκε ειρηνικά το 1820.
Η κατάσταση μετά το 1821, την έκρηξη της ελληνικής επανάστασης και την αποτυχία της εξέγερσης στη Μακεδονία επηρέασε την Ιερά Μονή Καρακάλλου εξίσου με τις υπόλοιπες μονές του Αγίου Όρους. Τουρκικά στρατεύματα εγκαταστάθηκαν στις Μονές, οι οποίες επιβαρύνθηκαν με τις δαπάνες συντήρησής τους. Βαρύς έκτακτος φόρος επιβλήθηκε συλλογικά, ενώ και οι τακτικοί φόροι διπλασιάστηκαν. Τα μετόχια της Χαλκιδικής υπέστησαν βαριές ζημίες, τα χρέη διογκώθηκαν, μεγάλος αριθμός μοναχών εγκατέλειψε τον Άθωνα. Μεταξύ 1823-1830 απέμειναν στο Άγιον Όρος λιγότεροι από 1.000 μοναχοί. Επί μία πενταετία, η Ιερά Μονή Καρακάλλου υπέστη ζημίες στα μετόχια στη Χαλκιδική και στον Στρυμόνα, περιήλθε σε κρίση και κανένα οικοδομικό έργο δεν εκτελέστηκε. Μετά το 1830 και την αποχώρηση των τουρκικών στρατευμάτων η επικοινωνία με τα μετόχια αποκαταστάθηκε, η οικονομική κατάσταση βελτιώθηκε σταδιακά, ο αριθμός των μοναχών άρχισε να αυξάνεται. Γύρω στο 1835 διήλθε μάλλον περίοδο οικονομικής κρίσης λόγω χρεών, εξαιτίας των όποιων αναγκάστηκε να ενεχυριάσει άμφια και κειμήλια.
Το 1836 ο βρετανός περιηγητής R. Curzon απέσπασε από τη βιβλιοθήκη τουλάχιστον δεκαέξι πολύτιμα χειρόγραφα.
Είναι γνωστό ότι το 1854 ο ηγούμενος της Ιεράς Μονής Καρακάλλου Δαμασκηνός δώρισε στον οπλαρχηγό Τσάμη Καρατάσο ένα ωραίο άλογο, πράγμα που έγινε αιτία να χάσει τη θέση του και να απομακρυνθεί και από την ίδια τη Μονή. Κατά το δεύτερο μισό του περασμένου αιώνα, εξάλλου, καθώς η Μονή άρχισε να έχει μεγάλα προβλήματα με τις έγγειες ιδιοκτησίες της, επειδή το 1863 η ρουμανική κυβέρνηση δήμευσε όλα τα μετόχια των Μοναστηριών της ελληνικής Ανατολής στη Μολδοβλαχία, μεταξύ των οποίων και τα μετόχια της Ιεράς Μονής Καρακάλλου, εγκαταστάθηκαν στη Μονή πολλοί ρώσοι μοναχοί με σκοπό να την καταλάβουν. Σχετικές πληροφορίες αναφέρουν ότι πρώτα ήρθαν και κατοίκησαν στα εξαρτήματά της, που υπολόγιζαν να τα μετατρέψουν σε κοινόβιες σκήτες, και από εκεί ακολούθως να μπουν στο Μοναστήρι. Δεν κατάφεραν όμως τελικά να πραγματοποιήσουν τα σχέδιά τους. Μετά την απελευθέρωση και την ενσωμάτωση του Αγίου Όρους στο Ελληνικό κράτος, η Ιερά Μονή Καρακάλλου δεν φαίνεται να επανακάμπτει. Τα οικονομικά προβλήματα επιδεινώθηκαν, όταν μετά το 1922 απαλλοτριώθηκαν και παραχωρήθηκαν σε μικρασιάτες πρόσφυγες τα κτήματα των Μονών του Όρους στη Μακεδονία και τα νησιά του Βορείου Αιγαίου.
