Η Ιερά Μονή Καρακάλλου διασώζει πέντε παρεκκλήσια εντός και αρκετά εκτός του συγκροτήματος, στο δάσος που απλώνεται βόρειά της.
Εντός της Μονής, στο κωδωνοστάσιο βρίσκεται το παρεκκλήσιο των αγίων Παντελεήμονος και Γεωργίου, ενώ στις πτέρυγες του μοναστηριού έχουν διαμορφωθεί πέντε παρεκκλήσια: του Αγίου Ιωάννη του Ελεήμονος, του Αγίου Ιωάσαφ, του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου, της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, και του Οσιομάρτυρος Γεδεών.
Απέναντι από την είσοδο του μοναστηριού, δίπλα στην κρήνη, βρίσκεται το παρεκκλήσι των Αγίων Θεοδώρων, ενώ ένα ακόμη παρεκκλήσιο, αφιερωμένο στην αγία Άννα, βρίσκεται στον πέμπτο όροφο του πύργου που περιλαμβάνει την είσοδο της μονής στο ισόγειό του.
Βόρεια από τον πλάτανο της Μονής, σε μικρή απόσταση από το μοναστηριακό συγκρότημα, βρίσκεται ο κοιμητηριακός ναός της κτισμένος το 1768 και αφιερωμένος στους Αγίους Πάντες. Ανήκει στον ιδιαίτερα συνηθισμένο ναοδομικό τύπο του συνεπτυγμένου σταυροειδούς ναού με τυφλό θόλο. Κατασκευάσθηκε εξαρχής με ισοπλατή νάρθηκα που στεγάζεται επίσης με τυφλό θόλο.
Ναός και νάρθηκας είναι κατάγραφοι. Ένα μέρος των τοιχογραφιών του νάρθηκα έχει χαθεί λόγω της ενίσχυσης των δύο τόξων που στηρίζουν τον τρούλο. Το εικονογραφικό πρόγραμμα του ναού, παρά τον σχετικά περιορισμένο χώρο, περιλαμβάνει έναν βασικό χριστολογικό κύκλο εννέα παραστάσεων. Ο θεομητορικός κύκλος περιορίζεται στην Κοίμηση της Θεοτόκου, ενώ στο κέντρο της ανατολικής καμάρας υπάρχει η παράσταση της τριπρόσωπης Αγίας Τριάδος. Σε όλες τις υπόλοιπες επιφάνειες υπάρχει ένας μεγάλος αριθμός μεμονωμένων μορφών σε μετάλλια στα μέτωπα των τεσσάρων κεραιών (24 στηθαίοι μάρτυρες), στα εσωρράχια των τόξων (12 ολόσωμοι προφήτες) και στην κάτω ζώνη που περιτρέχει τον ναό (30 ολόσωμοι άγιοι).
Στον νάρθηκα κυριαρχεί η παράσταση της Θεοτόκου στον θόλο περιβαλλόμενη από ζώνη έξι προφητών που προανήγγειλαν την Ενσάρκωση του Χριστού (Άνωθεν οι Προφήται). Στα τεταρτοσφαίρια υπάρχουν τέσσερις υμνωδοί της Παναγίας, ενώ σε όλες τις υπόλοιπες επιφάνειες τοποθετούνται 30 μεμονωμένοι άγιοι με ιδιαίτερη έμφαση στους οσίους που κυριαρχούν αποκλειστικά στην κάτω ζώνη. Σύμφωνα με γραπτή κτητορική επιγραφή που συνοδεύεται από παράσταση των Αποστόλων Πέτρου και Παύλου πάνω από την είσοδο, ο ναός οικοδομήθηκε «εκ βάθρων» το έτος ΑΨΞΗ΄ = 1768. Παράσταση και επιγραφή φιλοτεχνήθηκαν από το ίδιο εργαστήριο που τοιχογράφησε το εσωτερικό, γεγονός που οδηγεί στην διαπίστωση ότι ο εντοίχιος διάκοσμος πραγματοποιήθηκε αμέσως μετά την οικοδόμηση του ναού.
Στα νοτιοδυτικά του μοναστηριού, στην πλαγιά του βουνού, βρίσκεται το παρεκκλήσιο της αγίας Παρασκευής σε ερειπιώδη κατάσταση.
Στο δάσος βορειοδυτικά της μονής βρίσκονται τα κελλιά των Τριών Ιεραρχών, του Τιμίου Προδρόμου, του Αγίου Νικολάου, και του Τιμίου Σταυρού.
