Στις 2 Νοεμβρίου του 1912 το Άγιον Όρος απελευθερώθηκε από τον ελληνικό στρατό, μέσα σε κλίμα γενικής ευφορίας και από τότε η ιστορική του πορεία συνδέθηκε με αυτήν του Ελληνικού Κράτους. Το 1922, μετά την Μικρασιατική Καταστροφή, η Μονή πλήρωσε το δικό της φόρο αίματος στην εθνική συμφορά. Ο μοναχός Ιωσήφ, οικονόμος του μετοχίου του Αγίου Νικολάου στις Κυδωνίες (Αϊβαλί), βρήκε μαρτυρικό τέλος από τους Τούρκους. Λίγο αργότερα τα παραγωγικά μετόχια του μοναστηριού στη Μακεδονία, τη Θάσο και τη Λήμνο «απαλλοτριώθηκαν» και παραχωρήθηκαν στους πρόσφυγες.
