Το Αρχείο της Μονής, το οποίο, κατά το μεγαλύτερο Μέρος του ιστορικού της βίου, φυλασσόταν στον Πύργο, αποτελείται από 670 ελληνικά έγγραφα, 480 οθωμανικά και ένα ρουμανικό, μη συμπεριλαμβανομένου του μεγάλου αριθμού των οικονομικής φύσεως εγγράφων που αφορούν στα Κελλιά που υπάγονταν στη Μονή ή στις δοσοληψίες των πατέρων της από την περίοδο της Τουρκοκρατίας και εντεύθεν. Η δημιουργία αρχείου ήταν για τη Μονή Παντοκράτορος, όπως και για τις άλλες αθωνικές Μονές, πράξη θεμελιώδους σημασίας, γιατί μόνο με τη διαφύλαξη των πρωτοτύπων δωρητηρίων και επικυρωτικών εγγράφων ή των αντιγράφων τους ήταν δυνατή η προστασία της περιοχής και των μετοχίων της από καταπατήσεις.
Παρά τις περιπέτειες που γνώρισε κατά περιόδους, εξαιτίας εκτάκτων γεγονότων, όπως η καταστροφική πυρκαγιά του 1392, ή των ιστορικών συνθηκών που διαμορφώθηκαν κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, το αρχείο της Μονής συνέχισε να εμπλουτίζεται με έγγραφα, ενώ δεν σταμάτησαν και οι προσπάθειες για την ορθολογικότερη οργάνωσή του, τόσο κατά τον 16/17ο αιώνα όσο και κατά τον 18/19ο. Κατά τους τελευταίους μάλιστα αιώνες της Τουρκοκρατίας πραγματοποιήθηκε η μετάφραση των αρχικών, ιδρυτικών εγγράφων της Μονής, του 14ου αιώνος, ενώ από τα μέσα του 18ου αιώνα ο όγκος του αρχείου αυξήθηκε με τη συμπερίληψη ενός μεγάλου αριθμού εγγράφων οικονομικού κυρίως χαρακτήρα (χρεωστικά ομόλογα, συμβάσεις κ.ά.), καθώς και με την επίσημη αλληλογραφία της Μονής.
Μία σημαντική εργασία για την ταξινόμηση των εγγράφων του Αρχείου πραγματοποιήθηκε στις αρχές του 20ού αιώνος από την τριμελή «Επιτροπή επί της ταξινομήσεως του Αρχείου της Μονής», η οποία αποτελούνταν από τους προηγουμένους Ιωακείμ και Αλέξιο και τον αρχιμανδρίτη Αθανάσιο. Η Επιτροπή εργάστηκε συστηματικά και ολοκλήρωσε το έργο της στις 29 Ιουλίου 1926, με την ταξινόμηση και καταγραφή των εγγράφων εκείνων, που αφορούσαν στην «ελευθερίαν της μονής και την κατοχήν, νομήν και εν γένει ιστορίαν» των μετοχίων της μέχρι το 1926. Ο κατάλογος αυτών των εγγράφων, ο οποίος καταχωρήθηκε στον Κώδικα 4 και επιγράφεται «Κώδιξ του Αρχείου. Ιερά Μονή Παντοκράτορος», αποτελείται από 24 ενότητες, με κριτήριο τη γεωγραφική κατανομή των μετοχίων της Μονής, και θεωρείται πρωτοποριακός για την εποχή του.
