Η υπαγόμενη στη Μονή Σκήτη του Προφήτου Ηλία δεσπόζει σήμερα με τα πολυώροφα κτήριά της στα δασωμένα υψώματα, βορειοδυτικά της Μονής και σε απόσταση πεζοπορίας 30 λεπτών από αυτήν, μέσα από μια εξαιρετικά όμορφη διαδρομή.
Στην περιοχή αυτή πριν από τα μέσα του 18ου αιώνος υπήρχαν λίγα κελλιά, μεταξύ των οποίων και το Κελλί του Προφήτου Ηλιού, το οποίο ανοικοδομήθηκε και μετατράπηκε στην ομώνυμη Σκήτη το 1757 από τον όσιο Παΐσιο Βελιτσκόφσκι, τη σημαντικότερη μορφή του σλαβικού μοναχισμού κατά τον αιώνα αυτό, μεταφραστή της Φιλοκαλίας και φορέα του φιλοκαλικού πνεύματος στο σλαβικό κόσμο. Ο όσιος Παΐσιος είχε εγκατασταθεί στην περιοχή της Μονής το 1746 και σύντομα προσείλκυσε κοντά του μεγάλο αριθμό μοναχών, γεγονός που ευνόησε τη δημιουργία της Σκήτης με βάση τους κανόνες του κοινοβιακού συστήματος. Αν και δεν μαρτυρείται η ύπαρξη Κανονισμού για τη λειτουργία της Σκήτης, ωστόσο αυτή αναγνωρίσθηκε και από τον εγκαταβιούντα τότε στη Μονή πρώην οικουμενικό πατριάρχη Σεραφείμ Α´. Η αύξηση των μοναχών της αδελφότητας του Παϊσίου, τον οδήγησε στην απόφαση να επανδρώσει μαζί με τη συνοδεία του την εγκαταλελειμμένη εξαιτίας των χρεών της Ιεράς Μονή Σίμωνος Πέτρας το 1762, απ᾿ όπου, όμως, αναγκάστηκε να αναχωρήσει μετά από ολιγόμηνη παραμονή. Τελικά, μετά από σύντομη επιστροφή στη Σκήτη του Προφήτη Ηλία, αναχώρησε για τη Βλαχία, όπου έδωσε νέα πνοή στο σλαβικό μοναχισμό.
Μετά την αναχώρησή του η Μονή παραχώρησε τα οικήματα της Σκήτης σε Έλληνες μοναχούς και η Σκήτη μετατράπηκε σε ιδιόρρυθμη. Σε αυτή την κατάσταση παρέμεινε ώς την Επανάσταση του 1821, οπότε και ερημώθηκε. Μετά την αποχώρηση όμως των τουρκικών στρατευμάτων το 1835, εγκαταστάθηκε στη Σκήτη ο Ρώσος μοναχός Ανίκητος με δεκαπενταμελή συνοδεία. Επακολούθησε μια περίοδος προστριβών μεταξύ της Μονής και των Ρώσων μοναχών της Σκήτης, η οποία έληξε το 1839, ύστερα από διαμεσολάβηση του Κωνσταντίνου Σπανδωνή και του διερμηνέα του Ρωσικού Προξενείου στη Θεσσαλονίκη Πετροσέσκυ, οπότε «εγένετο συμβόλαιον κανονίζον τας της κυριάρχου Μονής και σκήτης σχέσεις, όπερ επεκυρώθη και υπό της ιεράς Κοινότητος».
Η κατάσταση στη Σκήτη μεταβλήθηκε κατά τις τελευταίες δεκαετίες του 19ου αιώνος, όταν ο Ρώσος Δικαίος Τωβίας επιχείρησε, στο πλαίσιο του οργιάζοντος τότε πανσλαβισμού, να επεκτείνει το κτηριακό συγκρότημα της Σκήτης και να ανεγείρει νέο, μεγάλων διαστάσεων, Κυριακό. Εντέλει, μετά από μακρούς δικαστικούς αγώνες, ο Τωβίας κατόρθωσε να επιτύχει την έγκριση για την ανέγερση νέων οικοδομών και την εγκαταβίωση στη Σκήτη 130 μοναχών και 20 δοκίμων. Το 1893 θεμελιώθηκε νέα πενταώροφη πτέρυγα, ενώ το 1900 ο Ρώσος ναύαρχος Βιρίλωφ και ο πατριάρχης Ιωακείμ Γ´ θεμελίωσαν το νέο, επιβλητικό και πολυτελή Κυριακό ναό της Σκήτης. Παρά ταύτα η ένταση και η αντίδραση στα διενεργούμενα σχέδια των Ρώσων μοναχών της Σκήτης αποτυπώνεται στη φράση του Γερ. Σμυρνάκη: «αποτέλεσμα υπήρξεν εν τέλει η ανάπτυξις και η αύξησις της σκήτης, ήτις, ενώ είναι μεγαλοπρεπής και πολυάνθρωπος Μονή, κατ᾿ ευφημισμόν και προς χλευασμόν των ανεχομένων αυτήν καλείται σκήτη».
Μετά από μια περίοδο ύφεσης και παρακμής κατά τη διάρκεια του παρελθόντος αιώνος, η Σκήτη του Προφήτου Ηλιού επανδρώθηκε τον Μάιο του 1992 από τη συνοδεία του δραστηρίου Γέροντος και Δικαίου αυτής, αρχιμανδρίτου κ. Ιωακείμ (Καραχρήστου), γεγονός που σηματοδότησε την απαρχή μιας νέας περιόδου ακμής και πνευματικής ανθήσεως της Σκήτης.
Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η λαογραφική συλλογή της Σκήτης του Προφήτη Ηλία, με σπάνια εκθέματα από εργαλεία και σκεύη που χρησιμοποιούνταν από τους μοναχούς κατά το παρελθόν. Ειδικότερα, η Συλλογή αυτή φιλοξενεί εκθέματα από το νοσοκομείο και το φαρμακείο της Σκήτης, το ξυλουργείο, το σιδηρουργείο, το ελαιοτριβείο, το υποδηματοποιείο, το τυπογραφείο και άλλους χώρους που χρησιμοποιούνταν για τα διάφορα διακονήματα της Σκήτης.
