Η Μονή κατείχε ένα μεγάλο μετόχι στην περιοχή του Στομίου, στην Καλαμαριά, γνωστό κυρίως με την τουρκική του ονομασία «Τσαλί-μετόχι», με εκκλησία του Αγίου Τρύφωνος. Επίσης κατείχε το μονύδριο των Ιερομνήμων στα Βούρβουρα μαζί με την πολύ μεγάλη έκτασή του, το οποίο της είχε δωρίσει ο αυτοκράτορας Βασίλειος Β΄, το μετόχι του Αγίου Γεωργίου στην Ιερισσό και το ομώνυμο στη Ζαβερνίκεια, το μετόχι της αγίας Κυριακής στο Στρυμόνα, το μετόχι του Αγίου Δημητρίου Zdrelea στην Ολτενία, στον Άγιο Νικόλαο Χαλκιδικής, στη Σκόπελο, στη Λήμνο, στη Μυτιλήνη και αλλού.
Προσφάτως, επίσης, ταυτίσθηκε το μονύδριο της Θεοτόκου στην περιοχή του Ιπποδρομίου της Θεσσαλονίκης, που αφιερώθηκε στην Ιερά Μονή Ξενοφώντος από το μοναχό Λαυρέντιο Κλάδωνα το 1324, με το ναό της Νέας Παναγίας.
