Η Επανάσταση στη Χαλκιδική το 1821 και η συμμετοχή των Αγιορειτών σε αυτήν είχε ως αποτέλεσμα, μετά την αποτυχία της, να φύγουν μοναχοί και να εγκατασταθούν Οθωμανοί στρατιώτες σε κάποιες Μονές. Μία από αυτές ήταν και η Ιερά Μονή Αγίου Παύλου. Οι Αγιοπαυλίτες, εκτός δύο ή τριών μοναχών, είχαν καταφύγει σε νησιά του Αιγαίου (π.χ. Σκόπελος, Ύδρα), ενώ τα κειμήλια της Μονής είχαν μεταφερθεί στα νησιά του Ιονίου (π.χ. Ζάκυνθος). Όταν αποχώρησαν τα οθωμανικά στρατεύματα από την Αθωνική χερσόνησο και άρχισε ο τόπος να βρίσκει την κανονικότητά του, η Μονή προσπάθησε να επαναφέρει τα κειμήλιά της και να ανορθωθεί οικονομικά. Μάλιστα, αναφέρεται ότι δύο Αγιοπαυλίτες, οι Σάββας Ρωσιανός και Γεράσιμος Λοβέρδος, απευθύνθηκαν μέχρι και στους τσάρους της Ρωσίας Αλέξανδρο Α΄ και Νικόλαο Α΄ και έλαβαν χρηματική βοήθεια για να επανακτήσουν τα καταπατημένα μετόχια της Μονής. Η δεκαετία του 1830 ήταν η σημαντικότερη της νεότερης ιστορίας του Μοναστηριού. Οι μοναχοί συνέχισαν το έργο της ανέγερσης νέου καθολικού, που είχε μείνει ημιτελές από τον Άνθιμο Κομνηνό. Ωστόσο, εξίσου σημαντικό γεγονός αποτελεί η κοινοβιοποίηση της Μονής το 1839, που επικυρώθηκε με σιγίλιο του πατριάρχη Γρηγορίου ΣΤ΄ το 1840. Πρώτος ηγούμενος έγινε ο ιερομόναχος και προηγούμενος της Μονής Διονυσίου, Στέφανος. Το 1839 ήταν και το έτος που ολοκληρώθηκε η κατασκευή του νέου καθολικού, το οποίο καθιερώθηκε το 1844. Κεντρικό πρόσωπο στην όλη ανακαινιστική προσπάθεια υπήρξε ο αρχιμανδρίτης Σωφρόνιος Καλλιγάς, ο οποίος όχι μόνο βοήθησε στην ολοκλήρωση του έργου, αλλά διετέλεσε και ηγούμενος, με κάποιες διακοπές, για μακρά χρονική περίοδο, μεταξύ των ετών 1843-1882. Το νέο καθολικό εγκαινιάστηκε να εορτάζει στην εορτή της Υπαπαντής, γιατί κατά παράδοση της Μονής, ο κτήτορας άγιος Παύλος είχε ανεγείρει το πρώτο ναΐδριο επ’ ονόματι της Υπαπαντής του Κυρίου. Οι ανακαινιστικές εργασίες συνεχίστηκαν και τα επόμενα χρόνια. Σημαντικό για την ιστορία γεγονός ήταν η ιδιαίτερα καταστρεπτική πυρκαγιά κατά τη νύχτα της 3ης προς 4η Ιανουαρίου του 1902. Από αυτή την πυρκαγιά κάηκε σημαντικό μέρος της νοτιοδυτικής πτέρυγας του συγκροτήματος και οι περίπου 220 σλαβικοί κώδικες της Μονής, αφήνοντας στη λήθη μεγάλο μέρος της ιστορίας της. Όπως και η οθωμανική κατάκτηση του 1423/4, έτσι και η απελευθέρωση του 1912 βρήκε τη Μονή σε φάση αναδιοργάνωσης. Διέθετε ένα καινούργιο και άνετο καθολικό, όπως και ένα ευρύχωρο μοναστικό συγκρότημα, το οποίο ήταν έτοιμο να δεχθεί νέους μοναχούς. Ήδη από τη δεκαετία του 1830 είχαν αρχίσει να καταφθάνουν Κεφαλλήνες, οι οποίοι έκτοτε και μέχρι το δεύτερο μισό του 20ού αιώνα θα αποτελέσουν την πλειονότητα των Ελλήνων μοναχών της αδελφότητας. Η έλευση των Μικρασιατών προσφύγων στην Ελλάδα μετά το 1922 οδήγησε στην απώλεια των αγιοπαυλίτικων μετοχιών στη Χαλκιδική, αφού αυτά απαλλοτριώθηκαν από το ελληνικό κράτος, όπως και όλα τα αγιορείτικα μετόχια, για την αποκατάσταση των προσφύγων. Σήμερα, η περιουσία της Μονής έχει προσανατολιστεί στην κατοχή αστικών ακινήτων, από τα μισθώματα των οποίων συντηρείται. Η πλούσια σε ξυλεία περιοχή νοτίως του Άθω, την οποία εκμεταλλεύεται η Μονή, της προσφέρει ένα επιπλέον σημαντικό έσοδο. Πέραν των προσώπων που αναφέρθηκαν και έπαιξαν σημαντικό ρόλο στην ιστορία της Μονής, θα πρέπει να προστεθεί και ο αρχιμανδρίτης Σεραφείμ Πανταζάτος, ο οποίος διετέλεσε ηγούμενος μεταξύ 1920-1932 και 1934-1960. Μεταξύ άλλων, εξέδωσε επί δεκαετία το περιοδικό «Άγιος Παύλος ο Ξηροποταμίτης», που αποτέλεσε σημαντικό εκδοτικό γεγονός για το Άγιον Όρος αλλά και τη μοναδική εκδοτική απόπειρα της Μονής, συνέβαλε δε στο να καταστεί γνωστή η ιστορία της σε ευρύ αναγνωστικό κοινό.
