Στις 2 Νοεμβρίου του 1912, μετά από 488 χρόνια υποδούλωσης, ταπεινώσεων και ποικίλων περιπετειών, το Άγιον Όρος απελευθερώθηκε από τον ελληνικό στρατό μέσα σε κλίμα γενικής ευφορίας και πανηγυρικών εκδηλώσεων των Αγιορειτών. Έκτοτε, όλες οι αγιορειτικές Μονές συνέδεσαν την ιστορική τους πορεία με αυτήν του Ελληνικού Κράτους. Το 1922, όμως, μετά την Μικρασιατική Καταστροφή, η Μονή πλήρωσε το δικό της φόρο αίματος στην μεγάλη εθνική συμφορά. Ο μοναχός Ιωσήφ, οικονόμος του μετοχίου του Αγίου Νικολάου στις Κυδωνίες, βρήκε μαρτυρικό τέλος από τους Τούρκους. Ταυτοχρόνως, απώλεσε τα παραγωγικά μετόχια της στη Μακεδονία, τη Θάσο και τη Λήμνο, λόγω της «απαλλοτριώσεώς» τους και της παραχωρήσεώς τους στους πρόσφυγες. Στα προβλήματα που αντιμετώπιζε η Μονή κατά τις δεκαετίες που ακολούθησαν ήλθε να προστεθεί μια πυρκαγιά που αποτέφρωσε την ανατολική κόδρα την 1η Δεκεμβρίου του 1948. Η πυρκαγιά θα προκαλούσε πολύ μεγαλύτερης εκτάσεως καταστροφές, αν δεν σταματούσε με θαυματουργικό τρόπο μετά από λιτανεία που τέλεσαν οι μοναχοί με μικρό αργυρεπένδυτο αντίγραφο της εφεστίου εικόνος της Παναγίας της Γεροντίσσης. Το αντίγραφο αυτό, λόγω του θαύματος, ονομάστηκε πρόσφατα από τους μοναχούς «Παναγία η Πυροσώτειρα». Έκτοτε, το καθεστώς της ιδιορρυθμίας σε συνδυασμό με τη λειψανδρία, φαινόμενο γενικευμένο στο Άγιον Όρος κατά τη μεταπολεμική περίοδο, καθιστούσαν ολοένα και δυσκολότερη τη λειτουργία της Μονής. Η δυσχερής αυτή κατάσταση διήρκεσε ως τον Μάιο του 1992, όταν η Μονή μετατράπηκε ξανά σε κοινοβιακή. Τελευταίος πρωτεύων προηγούμενος της ιδιόρρυθμης Μονής διετέλεσε ο ιερομόναχος Ευθύμιος Πρέπης από τους Μαγουλάδες της Κέρκυρας.
