Από τον 16ο αιώνα το Μοναστήρι είχε γίνει ιδιόρρυθμο, όπως άλλωστε πολλά άλλα. Τον Ιούλιο του 1813, ολοσφράγιστο γράμμα της Μεγάλης Σύναξης κοινοποίησε την απόφαση της Ιεράς Μονής Καρακάλλου να γίνει πάλι κοινόβιο, με ηγούμενο τον ιερομόναχο Νεκτάριο από το χιλανδαρινό κελλί της Αναλήψεως. Η μετάβαση στον κοινοβιακό τρόπο παγιώθηκε με την έκδοση του σιγιλίου του πατριάρχη Κυρίλλου ΣΤ΄ την ίδια χρονιά.
