Μετά την είσοδο, ο επισκέπτης αντικρύζει μια ευρύχωρη στοά με φυτά φροντισμένα, μια σκιερή αυλή γύρω από τον ναό. Οι ψηλοί όγκοι των κτιρίων σε κάνουν να κοιτάζεις διαρκώς προς τα πάνω. Ο ναός είναι χτισμένος κυριολεκτικά μέσα στην αγκαλιά του βράχου, αφήνοντας πίσω από το ιερό έναν στενό διάδρομο. Όλος αυτός ο χώρος αποτελεί μια εκτεταμένη επέκταση του 19ου αιώνα. Το 1816, με τη φροντίδα του αρχιμανδρίτη Ανθίμου Κομνηνού Αγιοπαυλίτη, ο οποίος διετέλεσε και ηγούμενος, ξεκίνησε η κατασκευή του τείχους και της μεγάλης δυτικής πτέρυγας, η οποία περιλάμβανε νέα Τράπεζα και παρεκκλήσια, αλλά είχε τότε ξυλόπηκτους τους επάνω ορόφους. Το 1819-20 είχε κτιστεί και το κωδωνοστάσιο. Οι εργασίες όμως διακόπηκαν για λίγα χρόνια εξ’ αιτίας των δεινών που ακολούθησαν την αποτυχημένη επανάσταση του 1821 στην Χαλκιδική, κι ο ίδιος διέφυγε ως πιθανολογούμενο μέλος της Φιλικής Εταιρείας. Συνεχίστηκαν αργότερα, ως τα μέσα περίπου του 19ου αιώνα, όταν αποπερατώθηκε το εντυπωσιακό καθολικό με τους έντεκα τρούλους, με δαπάνη του ηγουμένου Σωφρονίου Καλλιγά. Από το 1830 ξεκινούν να φτάνουν στο μοναστήρι Κεφαλλήνιοι, οι οποίοι, ως και τα μέσα του 20ου αιώνα, αποτελούσαν την πλειονότητα της αδελφότητας.
