Η έναρξη της Τουρκοκρατίας το 1424 στην περιοχή του Αγίου Όρους δεν επέφερε αρχικά πολύ σημαντικές αλλαγές. Ωστόσο, εν συνεχείᾳ και λόγω της επιβολής μεγάλης φορολογίας, η Μονή αντιμετώπισε σοβαρή κρίση, με αποτέλεσμα την είσοδο σ’ αυτήν σλαβόφωνων μοναχών. Παρά ταύτα, περί τα τέλη του 15ου αιώνα ανέκαμψε, όπως μαρτυρείται από τα έργα ανοικοδομήσεως που εκτελέσθηκαν κατά την περίοδο εκείνη. Στα έργα αυτά καθοριστική υπήρξε η συνδρομή χριστιανών ηγεμόνων της Μολδοβλαχίας. H δήμευση των μοναστηριακών κτημάτων από τον σουλτάνο Σελίμ Β΄ το 1569 οδήγησε σε νέα οικονομική κρίση τη Μονή, ενώ λόγω της άστατης κατάστασης δεν άργησε να επικρατήσει το ιδιόρρυθμο καθεστώς, όπως και σε όλες τις άλλες αγιορειτικές Μονές.
