Στην Ιερά Μονή Καρακάλλου υπάγονται τρία Κελλιά που βρίσκονται στις Καρυές. Τα υπόλοιπα δεκατέσσερα κελλιά είναι διάσπαρτα στο δάσος βορειοδυτικά της Μονής.
α) Το Κελλί των Αγίων Πάντων, το οποίο βρίσκεται βόρεια του Κελλιού των Γαλατσιανών, πίσω από το κτήριο της Ιεράς Κοινότητας, όπου εγκαταβίωνε η αδελφότητα των Καρπενησιωτών ζωγράφων, που ιδρύθηκε από τον Νικηφόρο. Το Κελλί ιδρύθηκε από τον ιερομόναχο Γαβριήλ από το Καρπενήσι, που ανήγειρε σ’ αυτό το 1681 το ναό των Αγίων Πάντων. Ο πρώτος ζωγράφος του Κελλίου που έγινε γνωστός από έγγραφο του 1788, ήταν ο Δαμασκηνός. Τον διαδέχθηκε ο Νικηφόρος Α΄, που εκοιμήθη το 1816 στην Ιερά Μονή Ζωγράφου, και αυτόν ο Μητροφάνης o εκ Βιζύης, ο οποίος πιθανότατα εκάρη εκεί μοναχός. Μέλη της συνοδείας του ήταν οι Γεράσιμος και Ιωάσαφ. Σήμερα εκεί φιλοξενείται το Αντιπροσωπείο της Μονής. Εργασίες αποκατάστασης τοτ Κελλίου πραγματοποιήθηκαν το 1999.
β) Το Κελλί των Τριών Ιεραρχών, όπου έγιναν εργασίες συντήρησης το 1997.
γ) Το Κελλί του Τιμίου Προδρόμου.
Σε έγγραφο της συνάξεως των Καρυών, του 1648 αναφέρεται το πρωτατινό Κελλί της Παναγίας, που παραχωρείται στον μοναχό Νικηφόρο.
δ) Το Κελλί του Αγίου Νικολάου, όπου εγκαταβιεί η συνοδεία του ιερομονάχου Νικολάου. Στο Κελλί αυτό έγιναν επίσης πρόσφατα επισκευαστικές εργασίες.
ε) Το Κελλί το Τιμίου Σταυρού, που βρίσκεται μεταξύ της Ιεράς Μονής Καρακάλλου και του Λαυρεώτικου Κελλίου του Αγίου Αρτεμίου, σε λόφο στην περιοχή Προβάτα, σε απόσταση μισής ώρας από τη θάλασσα και σε περιοχή κατάφυτη από καστανιές και κυπαρίσσια. Στο Κελλί ανήκει συνολική έκταση τεσσάρων στρεμμάτων και εκεί υπήρχε τσαγκαράδικο, κουρείο, υφαντουργείο, σιδηρουργείο, ξυλουργείο και φωτογραφείο. Ιδρύθηκε τον 10ο αιώνα και στο ναό του φυλάσσονται τεμάχια Τιμίου Ξύλου και αρκετά ιερά λείψανα, μεταξύ των οποίων τμήμα της κάρας του αγίου Μεγαλομάρτυρος Παντελεήμονος. Το 1896 το Κελλί πουλήθηκε με ομόλογο από την Μονή σε ρώσους μοναχούς, που αθέτησαν όμως τους όρους, προχωρώντας σε νέες προσθήκες στο κτηριακό του συγκρότημα με προφανή σκοπό να το μετατρέψουν σε Σκήτη. Το 1913 στο Κελλί ζούσαν 70 μοναχοί, όμως μετά την Οκτωβριανή Επανάσταση το 1917 άρχισε η σταδιακή παρακμή του, που οδήγησε εν τέλει στην ερήμωσή του. Στο Κελλί έγιναν επισκευαστικές εργασίες το 1995, το 1997 και το 1999. Σήμερα, Γέροντας του Κελλίου είναι ο ιερομόναχος Δαυίδ Σταυριώτης και το διακόνημά του είναι η κατασκευή θυμιάματος και περίτεχνων μαρμάρινων και ξυλόγλυπτων ειδών. Στο Κελλί εορτάζεται στις 4 Οκτωβρίου (νέο ημερολόγιο) η Απόδοση της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού με πανήγυρη. Το 2017 έγινε η Τελετή Εγκαινίων της Τράπεζας από τον Σεβ. Μητροπολίτη Ελενουπόλεως κ. Ιωακείμ.
στ) Το Κελλί των Εισοδίων/Γεννήσεως της Θεοτόκου (Γαλατσάνων), απέναντι από τη βορειοδυτική γωνία του Πρωτάτου, όπου το 1819 εγκαταβίωνε ο ιερομόναχος Μακάριος Γαλατσίανος, ιδρυτής της ομώνυμης αγιογραφικής αδελφότητας. Το Κελλί «Παναγία τα Εισόδεια κάτωθεν της Ψωραρέας» ανήκε στο Πρωτάτο και παραχωρήθηκε στη Μονή το 1661. Στο Κελλί διέμενε και ο ιερομόναχος Ευθύμιος Σταυρουδάς, που υπήρξε ο πρώτος βιογράφος του αγίου Νικοδήμου του Αγιορείτου. Στο Κελλί έγιναν εργασίες το 1986.
ζ) Το Κελλί της Κοιμήσεως της Θεοτόκου ή του «Εξυπολύτου», που αρχικά ήταν ανεξάρτητο και το 1324 με έγγραφο του Πρώτου Ισαάκ παραχωρήθηκε στη Μονή, ενώ αναγνωρίστηκαν και οι «παλαιές» κτήσεις της. Σήμερα σώζεται μόνο ο ναός.
η) Το Κελλί της Αγίας Παρασκευής, όπου το 1986 έγιναν επισκευές στη στέγη και συντήρηση του παρεκκλησίου.
θ) Το Κελλί του Αγίου Υπατίου, το οποίο αναφέρεται σε έγγραφο του Πρώτου Υπατίου και της συνάξεως των Καρυών, του έτους 1568, με αφορμή διένεξη για τα όριά του. Επίσης σε ομολογία και αποδειξη της Ιεράς Μονής Κωνσταμονίτου, του 1640, αναγνωρίζεται η κυριότητα της Μονής και τα όρια του Κελλίου.
